第一，在概念上的区别：
冷链物流，泛指冷藏冷冻类食品在生产、贮藏运输、销售，到消费前的各个环节中始终处于规定的低温环境下，以保证食品质量，减少食品损耗的一项系统工程。
普通物流是指物品从供应地向接收地的实体流动过程中，根据实际需要，将运输、储存、装卸搬运、包装、流通加工、配送、信息处理等功能有机结合起来实现用户要求的过程。
从两者的定以可以看出冷链物流主要是针对冷冻食品、对运输温度有一定要求的物品的运送，而普通物流则是一般物品的运送。
第二，在适用范围上：
1、冷链物流的适用范围
需要用到冷链物流的产品有：
初级农产品：新鲜蔬菜、水果；肉类、禽类；水产品、花卉产品等等。
加工食品：速冻食品、禽、肉、水产等包装熟食、冰淇淋和奶制品，巧克力等。
特殊商品：医用药品，医用药品比一般常温物流系统的要求更高、更复杂，对温度的要求很高，比如说疫苗。
第三，在特点方面的区别：
冷链物流的三个主要特点
1、时效性
需要通过冷链物流运送的产品对温度要求高，通常为易损坏，不易储藏的食品，如：水果、蔬菜、海鲜等，因此要求运输全程必须迅速完成作业，保证时效性。
2、复杂性
冷链物流的复杂性在于，冷链物流涉及到制冷技术、保温技术、温湿度检测、信息系统和产品变化机理研究等技术，有的产品甚至涉及到法律法规的约束，且每种产品均由其对应的温湿度和储藏时间要求，一旦断链将会造成前面的努力白费，因此大大加大了冷链物流的复杂性。
3、高成本性
冷链物流的成本远比常温物流投入要高。
首先是设备成本较高，冷链物流中心仓库和冷链车辆的成本一般是常温仓库和车辆的数倍，而且因涉及到食品等需要特殊的设施设备，需要大量的资金投入;
其次冷链物流运营成本较高，冷库需要不间断的打冷才能保证温度处于恒定状态，造成冷库的电力成本居高不下;冷藏车也需要不间断打冷才能保证产品的温度恒定，就需要更多的油费。
第四、冷库环节的货架设备
从目前市场上技术比较成熟高密度仓储货架而言主要有以下几种分别为：压入式货架、驶入式货架、巧固架、电动移动货架、穿梭车货架。这五种货架各有自己的优缺点，下面的分析从作业形式、单位货架造价、货位深度三方面进行综合对比和说明：
1、压入式货架亦称之为后退式货架，适合多品种少批量的货物存取。作业方式先进后出，货位深度通常≤5个。
2、驶入式货架适用于少品种、大批量的货物存取，在靠墙侧和安装背横梁、背拉的情况下，货物存取方式是先进后出货位深度≤6个。
第五、材料
冷库的货架在材料选择方面，虽然Q235也是可以的，但选用应力小、韧性好的材料，尽可能靠近Q235的理论性能。在货架的表面处理方面，需采用双重保护，防锈层和冷冻层，行业上目前有这方面的特殊塑粉的提供，只要质量好就行。
低温冷库环境下的穿梭车货架系统与仓储传统穿梭车货架系统在设计上会有一些改进，很多零部件需要耐低温的性质。在冷库等仓库中使用穿梭式货架系统能较大限度地提高仓库的空间利用率，可与叉车作业配合实现仓储管理的半自动化存储作业，或与自动化堆垛机配合作业实现全自动立体存储。
运输两种物品的价格也是不同的。