溶酶体的作用有二：一是与食材泡结合，将细胞吞噬进的食材或病原菌等大颗粒物物质消化吸收成分子伴侣，沉渣根据胞吐功效排出来体细胞;二是在细胞分化全过程中，一些衰退的细胞结构和分子伴侣等深陷溶酶体内并被消化吸收掉，它是机体本身升级组织的需要。
溶酶体的关键功效是消化吸收功效，是体细胞内的
消化系统，体细胞自溶，防御力及其对一些物质的运用均与溶酶体的消化吸收功效相关。
体细胞内消化吸收：对高等动物来讲体细胞的营养元素关键来自血液中的大分子物质，而一些大分子物质根据内吞功效进到体细胞，如内吞
低密蛋白得到
胆固醇，对一些单细胞真核生物，溶酶体的消化吸收功效就至关重要了。
细胞坏死：个人产生全过程中通常涉及到组织或人体器官的更新改造或复建，如虫类和蟹类的变态发育这些。这一全过程是在遗传基因控制下完成的，称之为流程化细胞死亡，终究要清除的体细胞以发芽的方式产生凋亡小体，被
巨噬细胞吞食并消化吸收。
自身吞食：消除体细胞中没用的分子伴侣，衰退的细胞结构等，如很多分子伴侣的药物半衰期仅有几个小时至几日，肝脏中膜蛋白的人均寿命约10天上下。
防御力功效：如组织细胞可吞进病原菌，在溶酶体里将病原菌杀掉和溶解。
参加代谢全过程的调整，如将甲状腺囊肿血蛋白溶解出有特异性的甲状腺素偏高。
产生男性精子的顶体：顶体等同于一个有机化学钻，可溶解穿卵细胞的表皮层，使男性精子进到卵细胞。
全部白细胞计数均带有溶酶体特性的颗粒物，能解决侵入的微生物菌种。殊不知，也是有一些病原菌菌(如麻风杆菌、结核菌等)能承受溶酶体水解作用，因此能在巨噬细胞内生存。溶酶体在病理学全过程中也有关键实际意义。因为肺巨噬细胞吞食吸进的硅或石绵烟尘，造成溶酶体裂开和水解酶的释放出来，刺激性
结缔组织化学纤维的提升，造成
硅肺的产生。组织氧气不足(如
心肌梗死)也可导致溶酶体的亚急性释放出来，使血液中相关酶的浓度值快速提高。