阿米巴病的治疗具有两个基本目标，其一治愈肠内外的侵入性病变；其二，清除肠腔中的包囊。
甲硝咪唑（metronidazole）为目前治疗阿米巴病的首选药物。另外替硝唑（tindazole）、奥硝唑（ornidazole）和塞克硝唑（secnidazole）似有相同作用。并且临床根据病变的部位—肠腔、肠壁和肠外病变而异。一般来说，肠腔感染为无症状带包囊者，若为迪斯帕内阿米巴引起无需治疗，但是区别溶组织内阿米巴和迪斯帕内阿米巴的方法和技术还未广泛应用，而且10%的带包囊者感染有溶组织内阿米巴，所以对无症状病例仍建议治疗，以防止发展成侵入性或作为感染源。另外，由于阿米巴表面凝集素可刺激HIV复制，所以，HIV感染者无论是致病或不致病均应治疗。
对于带包囊者的治疗应选择那些肠壁不吸收的、低副作用的药物，例如巴龙霉素（paromomycin, Humantin）或喹碘方（Iodoquinofonum）、安特酰胺（diloxanide）等。有资料提出甲硝咪唑或替硝唑等主要用于组织感染，但常无根治肠腔病原体的作用，故不应用于治疗无症状带包囊者。
对于急性或慢性侵入性肠阿米巴病患者甲硝咪唑则是首选药，其口服几乎100%吸收，溶组织内阿米巴抗甲硝咪唑的抗性问题尚未成为严重的临床问题，但是对该原虫已有多种有关药物抗性基因存在的报告，故值得重视。另外，有报告提示甲硝咪唑对啮齿类动物有致癌性，孕妇慎用。
肠外阿米巴病，例如肝、肺、脑、皮肤脓肿的治疗亦以甲硝咪唑为主，氯喹亦为一有效药物。若肝脓肿在药物治疗后3天，症状并无减轻；左叶脓肿有穿破入心包的可能；即将破裂的巨大脓肿；欲除外细菌性肝脓肿；缓解肝压迫和疼痛症状均为进行肝穿刺抽脓的指征，一般往往是药物化疗配以外科穿刺，可以达到较好效果。在某些严重病例可以辅以肾上腺皮质激素2天~3天，以减少心脏毒性作用。中药大蒜素、白头翁等也有一定作用，但根治也许困难。 尽管药物治疗阿米巴病还很有效，但阿米巴病的存在还是一个世界范围内的公共卫生问题，人们在治疗该疾病的同时，还要防止感染包囊，对粪便进行无害化发酵处理，杀灭包囊，保护水源、食物，并不断提高文化素质、环境卫生和驱除有害昆虫等措施均有利于对阿米巴病的控制。
由于阿米巴病造成较多的人死亡，且易成为艾滋病的伴随症，因此对它的预防也日显重要。研究重组或自然疫苗对阿米巴病的预防作用已广泛开始，但至今无抗溶组织内阿米巴疫苗在世界范围内被接受。首先有人报告应用滋养体或可溶性的阿米巴蛋白免疫实验动物，可获一定效果；溶组织内阿米巴多丝氨酸蛋白（Serine Rich Entamoeba histolytica Protein, SREHP）虽为表面蛋白，但主要分布在核或胞质，可作为口服疫苗而引导粘膜免疫反应，产生抗阿米巴分泌性IgA而阻止阿米巴吸附于肠粘膜上皮；溶组织内阿米巴表面半乳糖可抑制性凝集素，与阿米巴滋养体的吸附有关，已证实以该凝集素免疫的动物可以抑制阿米巴性肝脓肿的形成，重组的该蛋白的部分多肽也有明显的体内外抗阿米巴致病作用。该蛋白也具有口服疫苗的作用。目前认为多种重组阿米巴抗原组成的复合疫苗比单一抗原更具保护性作用。但是目前实验动物肝脓肿模型往往是将滋养体直接注射入肝脏，而不同于人类肝脓肿形成的机理。另外，目前实验室研究均用溶组织内阿米巴HM1:IMSS实验室株，血清学证实其高度保存着SREHP、表面凝集素等各类重要表位，但来源于这一虫株的重组抗原作为疫苗应用于临床阿米巴病中的效率如何值得探讨。
从致病机理方面考虑，口服疫苗将含有高效率的保护性作用，但问题是缺少有效的实验动物模型。所以研究者们在不断地探索和尝试，例如重组抗原在可食植物中表达，制成食品型的疫苗，也许是阿米巴病疫苗发展的另一条途径。DNA疫苗也许可以像对其他感染性疾病一样，用于阿米巴病。
研究溶组织内阿米巴的最重要目的是了解和控制其致病力和毒力。这些研究已经进行了一百多年，而现代分子生物学将要回答更多的问题。 黏液菌的这一本能并非偶然，而是在历经千百万年的进化过程中逐渐获得的。这能否被称为智力，也许还存在争议，但这些实验的结果还是令科学家们雀跃。
其中最容易让科学家联想到的就是利用黏液菌解决交通网络问题。一个健康的交通网络可比“两点之间线段最短”这样的数学定理要复杂多了。设计者们不仅要考虑成本、运输效率问题，还要把容错性提升到最大程度，保证在网络的某段发生特殊事故时，其他部分可以继续正常工作，不受影响。
为了充分利用生物进化中习得的智慧，研究者们还将黏液菌的生长及行动模式建立成简单的数学模型，运用到计算机中去，希望能够帮助设计者们设计出更加有效，更具适应性的交通网络。有科学家质疑，这一实验只能说明黏液菌在处理日本铁路网络时确实有效，但因此就说黏液菌对世界上所有国家的铁路系统有效，未免有以偏概全之嫌。尽管如此，哈佛大学的马克·弗里克仍然对黏液菌模型的应用跃跃欲试且信心十足，弗里克是该研究的共同作者。
他指出，这种可延展性系统有助于建立需要不时调整的网络,例如用于发出火灾或水灾预警信号的短射程无线系统，该系统一般安装在传感器上，由于这类传感器在灾难发生时即遭损坏，而利用黏液菌模型也许可以快速计算出其他有效线路，从而保证快速高效地改道发送信号。
