新教强调因信称义、信徒人人都可为祭司和《圣经》具有最高权威三大原则。。 新教不采用天主教的修道院制度和独身制。
为了培养教会的专职教牧人员，各宗派单独或合作举办神学院或其他宗教学校。此外，还通过家庭影响和教会自己举办的主日学、查经班、学道班等，对一般信徒进行宗教教育。为了扩大宗教影响，欧美一些教会还开办学校、医院、慈善机关，以及开展各种社会活动。如基督教青年会等。 基督新教各宗派对政教的关系的立场大都不太相同，虽实行政教分离，却普遍没抗拒参与或组织政治活动。
信义宗方面，马丁·路德在宗教改革时一直也受都德意志北部的封建诸侯支持，所以也比较偏袒他们。路德一直教导灵家教会需顺服公家掌权者，因为教会若跟世俗政权发生正面对抗，在该政权统治地区的宗教事业必然招致失败，所以教会要支持政府。可是，这却为信义宗日后的发展种下了祸根。1932年，一些支持纳粹的国家社会主义基督徒成立了称为“纳粹福音基督教”（Evangelical Nazis）的党派。后来，德国信义会在纳粹德国的压力下，组织了一个支持纳粹政权的宗教组织德国基督教。纳粹党更要求全国所有教会加入德国基督教，此举为第二次世界大战的认信教会制度预做准备。二战结束后，德国信义会的行为遭到不少德国人指责，因而造成今天信义宗在德国的信徒人数不断下滑。而在纳粹德国时期，国内外的新教团体普遍没有反对战争。而个别反对纳粹德国的基督教人士，就因反对纳粹政权而遭处死。
归正宗方面，约翰·加尔文在宗教改革后一直居住在民主共和的日内瓦，自己也主张教会实行比主教制民主得多的长老制。加尔文强调神权，但又不是完全赞成民主，因为他认为这很容易沦为暴民政治，使社会失去目标和秩序。他认为任何政治制度都必须确保社会能朝向神圣目标进发。所以可以说，他不是完全赞成政教分离。加尔文宗所设计的民主和共和的教会组织形式，要实行民主选举与神权共和。在加尔文的领导下，日内瓦成为政教合一的神权共和国和宗教改革的中心。
至于其他的新教宗派与教派，今天普遍也支持政教分离。提倡政教分离的主张可追溯至再洗礼派，而从归正宗分离出去的浸信会，也反对像圣公会般受政府控制的教会，主张政教分离。因着浸信会在新教的影响力极大，不少独立教会也支持政教分离。另就新教内部的信徒来说，由于政教合一曾在基督教历史上留下血腥记录，故普遍有政教分离的内在意愿。
在教会与国家的关系问题上，新教各派的主张也不尽相同。宗教改革时期，马丁·路德虽然提出“两个国度”即政教分离的原则，但实际上他的改革活动是和世俗政权的支持分不开的。现代德国和北欧国家的路德宗仍然可以说是一种不成文的国教。加尔文在日内瓦所建立的实质上是政教合一的神权国家。苏格兰教会和英国教会21世纪仍保留着国教的形式。一些从主流派分裂出来的派别，在不同程度上都主张政教分离，要求国家尊重和保障宗教自由。 新教的主要派系，为了使他们所信奉的教义和组织原则保持稳定和规范化，都先后订立认信文作为信仰和教会生活的准绳。如德国路德宗教会有《奥格斯堡信纲》（1530），瑞士归正宗各教会（茨温利派和加尔文派）有（第二赫尔维西认信文）（1566），英格兰、苏格兰归正宗各教会有《威斯敏斯特信纲》，安立甘宗有《三十九条信纲》等。
