1、培养目标不同
药学专业培养具备药学学科基本理论、基本知识和实验技能，能在药品生产、检验、流通、使用和研究与开发领域从事鉴定、药物设计、一般药物制剂及临床合理用药等方面工作的高级科学技术人才。
药学专业学生主要学习药学各主要分支学科的基本理论和基本知识，受到药学实验方法和技能的基本训练，具有药物制备、质量控制评价及指导合理用药的基本能力。
临床医学专业学生主要学习医学方面的基础理论和基本知识，受到人类疾病的诊断、治疗、预防方面的基本训练．具有对人类疾病的病因、发病机制作出分类鉴别的能力。
2、课程设置不同
药学专业：
主要课程：马克思主义基本原理、思想道德修养、法律基础、大学英语、高等数学、医用物理学、计算机基础、形态学概论、生理学、细胞生物学、分子生物学、医学免疫学、病理生理学、医学微生物学、无机化学、有机化学、生物化学、定量分析、仪器分析、物理化学、基础化学实验、药物化学、天然药物化学、药剂学、药物分析、药理学、毒理学基础、药物的波谱解析、药事管理学、专业技能实验等。
主要实践性教学环节：包括生产实习、毕业论文设计等，一般安排22周左右。
临床医学专业：
人体解剖学、组织学与胚胎学、生物化学、神经生物学、生理学、医学微生物学、医学免疫学、病理学、药理学、人体形态学实验、医学生物学实验、医学机能学实验、病原生物学与免疫学实验、诊断学、内科学、外科学、妇产科学、儿科学；循证医学、卫生法学、医学伦理学、医学心理学、医患沟通与技巧；马克思主义基本原理、思想道德修养；英语、高等数学、医用物理学、化学等。
主要实践性教学环节：毕业实习安排一般不少于48周。
3、就业方向不同
药学专业的毕业生具有较全面的综合素质和较强的持续发展能力，毕业后能够从事与药物合成、药物制剂、药物检验、药品生产与营销、新药研制开发与质量控制等工作以及与药学研究、管理和教学有关的工作。
临床医学专业的毕业生具有较全面的综合素质、较好的学习能力、较强的处理临床实际问题能力和初步的科研能力。毕业后可以在医疗卫生机构从事临床各科的医疗、预防工作及医学教学和研究工作。
参考资料：百度百科-药学专业
参考资料：百度百科-临床医学专业
临床药学是研究药物防病治疗的合理性和有效性的药学学科。它主要内容是研究药物在人体内代谢过程中发挥最高疗效的理论与方法。它侧重于药物和人的关系，直接涉及到药物本身，用药对象和给药方式，因此也直接涉及到医疗质量。
医药发展史雄辨地证明，医与药偏废任何一方，人类都将受到惩罚。在医院里，医师与药师的精细分工使医学与药学变得耳目闭塞，成为发展的桎梏。天下之势，分久必合、合久必分。当今药学界的知识爆炸动摇了医与药的平衡关系，而临床药学却搭起了鹊桥，成了医药重新联姻的纽带。开展临床药学的实际意义，就是确保病人用药安全有效、提高医疗水平，使医院药学与临床密切结合，达到合理用药的目的。
药学专业，除大学本科通用课外，化学相关课程较多（如无机、有机、分析、药化、生化、植化等），生理学、人体解剖学、微生物及寄生虫学等，药理学、药剂学等。
临床药学专业，除与药学专业相差无几外，增加或侧重了临床医学方面的课程（如病理学、诊断治疗学等），减少了药剂学相关课程。
临床医学毕业后当医生。