年终奖和工资是分开扣税的。员工获得年终奖，在申报个人所得税时，必须采用税率和速算扣除数来计算并缴纳税费。工资按照个人所得税的征税要求，来缴纳税费。个人所得税的起征点都有国家对其政策上的考虑，征收税率也都是考虑了个人收入的比重情况。
个人所得税的范围1、工资薪酬: 个人通过自己的技能而就业，在其岗位上劳动从而获取的工资，奖金，津贴，分红等其他得到的资金;
2、劳务报酬:个人在翻译，新闻，表演，技术服务等参与的劳务中取得的报酬福利;
3、稿酬:个人发布其作品等形式来获取报酬;
4、特许权使用:个人的专利交由单位、企业使用从而获利;
5、经营:个体户自行承包的商铺等，通过经营来获取利润;
6、股息红利:个人可投资债权与股权，若股市行情发展得好的时候，是可以获取利息的;
7、财产转让与租赁:个人还可出租与转让自己的财产，好比出租房屋来收取租金报酬;
8、偶然所得:个人可能因偶然发现而获取一笔财富。