边防检查由公安部门领导。
边防检查是指对出入国境人员的护照、证件、签证、出入境登记卡、出入境人员携带的行李物品和财物的检查，交通运输工具及其运载的货物等的检查和监护，以及对出入国境上下交通运输工具的人员的管理和违反规章行为的处理等。
公安边防部队主要职责如下：
1、沿边沿海地区边防管理；
2、边境沿海地区、海上治安管理及渔船民管理；
3、出入境人员、交通运输工具的边防检查和监护；
4、毗邻香港、澳门边境一线的巡逻警戒，北部湾海上边界巡逻监管；
5、涉外边防合作；
6、防范、打击沿边沿海地区各种违法犯罪，管辖在海上发生的刑事案件，管辖在边境管理区和沿海地区发生的组织他人偷越国（边）境案、运送他人偷越国（边）境案、偷越国（边）境案和破坏界碑、界桩案，以及在边境管理区和沿海地区查获的走私、贩卖、运输毒品和走私制毒物品等案件。
边检站属于国家公务员体系，边检系统为公安部直属单位。
边检站公安部直属单位。它由武警边防部队组成，由公安部边防局和地方公安机关双重领导，人员为公安边防现役体制。中国边检是中华人民共和国边防检查的简称，是国家设立在对外开放口岸的重要执法力量，由公安部垂直领导，担负着维护国家主权、安全和社会秩序，管理人员和交通运输工具出入境的重要职责。目前，我国共在对外开放口岸设立了270多个出入境边防检查站，涵盖空港、海（河）港和陆路三大类型口岸，公安部出入境管理局统一指导全国边防检查工作。
法律依据：
《中华人民共和国出入境边防检查条例》第四条边防检查站为维护国家主权、安全和社会秩序，履行下列职责：
（一）对出境、入境的人员及其行李物品、交通运输工具及其载运的货物实施边防检查；
（二）按照国家有关规定对出境、入境的交通运输工具进行监护；
（三）对口岸的限定区域进行警戒，维护出境、入境秩序；
（四）执行主管机关赋予的和其他法律、行政法规规定的任务。
第十五条出境、入境的人员有下列情形之一的，边防检查站有权限制其活动范围，进行调查或者移送有关机关处理：
（一）有持用他人出境、入境证件嫌疑的；
（二）有持用伪造或者涂改的出境、入境证件嫌疑的；
（三）国务院公安部门、国家安全部门和省、自治区、直辖市公安机关、国家安全机关通知有犯罪嫌疑的；
（四）有危害国家安全、利益和社会秩序嫌疑的。
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