合作市是甘南藏族自治州州府所在地，是全州政治、经济、文化、科技中心。也是藏区唯一设立的县级市，地处青藏高原的东南端，甘、青、川三省交界处，位于甘肃省西南部，地理座标东经102°54′，北纬39°59′。国道213线和省道306线环城而过。北距甘肃省会兰州250公里，南距四川省会成都860公里，平均海拔3000米以上，年均气温1.7℃，无绝对无霜期。全市总面积2670平方公里，其中草场面积246.7万亩，林地面积56.97万亩，城区总面积12平方公里，人口8万。
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