原发性肝癌的并发症可由肝癌本身或并存的肝硬化所引起。这些并发症往往也是导致或促进患者死亡的原因。
（1）肝癌结节破裂出血：肝癌自发性破裂出血是肝癌最常见的并发症之一，发生率约为5.46%～19.8%。肝癌破裂出血的临床表现为上腹部疼痛。出血量较大者可在短时间内出现低血压、休克、腹水等表现；如出血缓慢，临床症状可不明显，仅表现为贫血症状，直到影像学检查或腹腔穿刺时才被发现。有相当一部分患者，以腹痛等类似急腹症的临床表现作为首发症状，其中许多已发生肝癌结节破裂，所以，临床上遇到既往有慢性肝病病史，无明显原因的突发性腹痛、腹腔穿刺抽出不凝固血液，能够排除其他内脏出血，应考虑到肝癌结节破裂出血的可能。对已明确诊断的肝癌患者，诊断自不困难。B超、CT等影像学检查可以提供肝癌破裂出血的直接证据。
肝癌破裂出血患者往往因凝血功能障碍，非手术治疗难以止血，死亡率几乎达100%，因此，只要患者一般情况能耐受手术，应积极争取手术探查，止血治疗。
手术适应证：
①诊断明确的肝癌自发性破裂出血伴休克或短期内血红蛋白迅速下降者。
②估计能行肝癌切除或其他有效治疗者。
③不能排除其他原因的内脏出血。
④肝功能代偿良好，无肝性脑病、大量腹水或其他重要脏器功能障碍者。
手术方法有：
①局部填塞缝合术。
②肝动脉结扎术。
③肝动脉栓塞术。
④微波高温固化止血法。
⑤肝叶或段切除术。
（2）肝性脑病：肝性脑病是由于肝癌晚期肝功能严重损害而导致失代偿表现，是肝癌常见的一种严重并发症，也是肝癌死亡的重要原因之一。肝性脑病的临床表现主要包括两大方面：一是肝病功能损害表现，二是脑病表现。脑病表现可归纳为两类：一类是精神错乱，如神志恍惚、沉默、情绪低沉、讲话缓慢、口齿不清、定向能力和理解力下降，书写错误，不能完成简单运算和智力动作，睡眠改变，后期可出现木僵、嗜睡、最终发生昏迷，部分患者有欣快感和幼稚行为，酷似精神分裂症；第二类是动作行为异常，常出现运动、共济-平衡失调表现，以扑翼样震颤最具特征性。脑电图检查可见异常脑电波。
根据患者临床表现将肝性脑病分为四期。
Ⅰ期为前驱期，患者出现轻度性格改变。
Ⅱ期为昏迷前期，出现精神错乱、意识模糊，肌张力增高，腱反射亢进，可出现扑翼样震颤，脑电图出现θ波。
Ⅲ期为昏睡期，患者以昏睡为主，可有扑翼样震颤，脑电图出现明显的θ波和三相慢波。
Ⅳ期为昏迷期，患者处于昏迷状态，反射消失，脑电图出现δ波。
根据其临床过程分为3种类型，即急性型、慢性型和中间型。
肝癌所致的脑病多属中间型。
肝性脑病是在肝功能衰竭的基础上产生的，所以对肝癌患者，要注意护肝治疗，避免使用损害肝脏的药物，保持水、电解质平衡，防止感染和消化道出血的发生。在治疗上应消除肝性脑病的诱因，控制感染，减少氨的摄入和体内形成，促进氨的排泄，改善肝功能，促进肝细胞再生，应用支链氨基酸、广谱抗生素以及对症支持治疗。
（3）消化道出血：大多数因肝硬化或癌栓导致门静脉高压，引起食管胃底静脉曲张破裂而出血。患者常因出血性休克或诱发肝性脑病而死亡。此外晚期肝癌患者亦可因胃肠道黏膜糜烂、溃疡加上凝血功能障碍而引起广泛渗血等现象。肝癌患者合并消化道出血的原因有：
①食管胃底静脉曲张：肝癌患者常合并有肝硬化，肝硬化患者常因门脉高压导致食管胃底静脉曲张，而肝癌及门静脉癌栓可以加重门静脉高压，使食管胃底静脉曲张破裂出血。
②门脉高压性胃病：由于门静脉高压，导致胃黏膜血流减少，黏膜下层广泛水肿，黏膜缺血、缺氧、代谢障碍、胃黏膜屏障受损功能降低。
③凝血功能障碍：肝癌患者肝功能降低导致凝血因子合成减少，纤维蛋白溶解性增高及血小板质量异常，导致凝血障碍，一旦发生消化道出血，常常不易自行停止。
④肝癌结节破裂出血，血液可自胆道系统流出，排入肠道。
⑤肝癌转移，直接浸润胃肠道黏膜血管，引起消化道出血。
肝癌合并消化道出血的治疗主要为止血和抗休克，包括止血药物、休息、输注新鲜血液等。根据不同原因的出血可采用不同的止血措施。食管胃底静脉曲张破裂出血可采用三腔二囊管压迫止血，硬化剂多点注射或圈套套扎止血；门脉高压性胃病口服或静注质子泵抑制剂及黏膜保护剂等。保守治疗无效时可考虑手术止血治疗。
由于这一类患者常不能耐受肝叶切除术，因此尽可能在手术中采取肿瘤局部治疗。
（4）其他并发症：原发性肝癌因长期消耗，机体抵抗力减弱或长期卧床等而易并发各种感染，尤其在化疗或放疗所致白细胞降低的情况下，更易出现肺炎、败血症、肠道及真菌感染等并发症。靠近膈面的肝癌可直接浸润，或通过淋巴路、血路转移引起血性胸腔积液。也可因癌破裂或直接向腹腔浸润、播散而出现血性腹水。此外，也有人报道因肝静脉癌栓而导致右心房癌栓阻塞经手术摘除成功的病例。