同仁堂药店的历史可以追溯到清朝初期，其创始人乐氏，原籍浙江宁波府。起初，乐氏以行医和卖小药为生，通过摇串铃的方式在街头巷尾进行。17世纪中叶，乐尊育进入清宫的太医院，其子乐梧岗随后在京城前门外的大栅栏开设了同仁堂药店，开始了药店的独特经营模式。
同仁堂药店的独特之处在于其前店后作坊的结构，即在店面销售的同时，自家生产中药。作坊位于大栅栏附近的新开路，这使得同仁堂能够确保药品的源头质量和自制优势。经过几十年的辛勤努力，同仁堂逐渐发展壮大，尤其是在雍正年间，为清宫御药房提供药材并制药，这标志着同仁堂进入了新的发展阶段。
同仁堂的成功得益于其对中成药的精制和配方的合理性，其炮制的药品如牛黄清心丸、再造丸、活络丹、女金丹、安宫牛黄丸和虎骨酒等，因其高品质和显著的疗效，赢得了广大患者的高度赞誉。这些药品不仅在内地广受欢迎，还远销到东南亚地区，显示了同仁堂的影响力和市场扩展能力。
同仁堂的创始人是乐显扬。乐显扬，号尊育，祖籍浙江宁波，明朝永乐年间迁居北京。祖辈三代行医。他自幼耳濡目染，广读方书典籍，致力于方药研究制作。他制作的丸药，都是取材纯正地道，制作精细严谨，患者用后疗效显着。他把行医卖药作为一种养生济世效力于社会的最高追求事业，他说：“可以养生、可以济世者，惟医药为最。”乐显扬于清朝康熙八年（1669年）创办同仁堂药室。