海关的稽查流程包含以下几个步骤：
第一步是通知阶段。当海关决定对企业进行稽查时，会提前3天送达《海关稽查通知书》，告知企业稽查的范围。如果企业涉嫌重大违法，或者有重要资料可能被转移或销毁，海关可以不经事先通知直接进行径行稽查，此时《海关稽查通知书》将直接送达企业。
实施稽查时，企业应积极配合。法定代表人、主要负责人或授权代表需到场，提供真实情况和必要的工作条件。海关稽查人员会查阅和复制企业的账簿、单证等资料，企业需按要求提供并确保真实性。在异地查阅或复制资料时，需经《帐簿单证调审单》程序。海关人员还可能进行询问，企业相关人员需如实回答，结束后在《询问笔录》上签字。稽查人员也会对企业的生产经营场所和货物存放地进行检查，企业需到场配合。
稽查结束后，海关人员会撰写稽查报告，并征求企业意见。企业在7日内对报告提出书面反馈，逾期则视为无意见。海关在收到反馈后的30日内作出《海关稽查结论》，通知企业稽查结束。如果发现企业有走私或违规行为嫌疑，海关将进行立案调查。
海关稽查，是指海关自进出口货物放行之日起3年内或者在保税货物、减免税进口货物的海关监管期限内，对被稽查人的会计帐薄、会计凭证、报关单证以及其他有关资料和有关进出口货物进行核查，监督被稽查人进出口活动的真实性和合法性。