1910年摩尔根和他的学生布里吉斯（Bridges, C.B）研究了两对基因的遗传，发现了连锁和互换，建立了遗传学第三个基本定律，连锁法则。
摩尔根发现果蝇的红眼和紫眼（purple）、长翅和残翅（vestigial）两对性状都是非伴性性状，各自的遗传都符合孟德尔法则。他们将红眼长翅的果蝇和紫眼残翅的果蝇进行杂交，F1代为红眼长翅，然后将F1和双隐性亲本进行测交，所得到的测交后代按孟德尔法则应有四种表型，分离比为1:1:1:1，但实际得到的结果确有相引和相斥的现象，亲组合多于理论数，重组合少于理论数。同贝特森等一样，为了进一步验证，他们又改变组合重新实验，结果相似，仍是亲组合多于理论数，重组合少于理论数。
但他们的解释却不相同，摩尔根等认为第一种组合Pr+ 、Vg+两个基因位于同一条染色体上，Pr、Vg也位于另一亲本的相应染色体上，两个亲本都是纯合体，杂交后F1代的这一对染色体分别携带着红眼长翅和紫眼残翅基因。
减数分裂时有的细胞在Pr+、Vg+两个基因之间发生染色体的交换重组，产生了重组型配子Pr+Vg和PrVg+，这种配子的比例比亲组合型的配子少，所以通过测交所得到的后代不是1:1:1:1，而是亲组合的表型红眼长翅和紫眼残翅为多；相反重组合的后代红眼残翅、紫眼长翅为少，另一组合的杂交也是同样的道理。
他们的假设归纳起来主要有三个论点：
(1) 相引是两个基因位于同一条染色体上，相斥则反之。其实按现代的概念，相引就是顺式（Cis），相斥就是反式（Trans）。
(2) 同源染色体在减数分裂时发生交换（cross－over）重组（1910年）；
(3) 1911年摩尔根又补充了一点：位置相近的因子相互连锁。连锁和交换的重组称为染色体内重组（intrachromosomal recombination），因染色体自由组合而产生的重组称为染色体间重组（interchromosomal recombination）。
参考资料：http://www.biox.cn/biology/200609/20060905023744_135040.shtml