一、两者征管税种不同：1、增值税；2、消费税；3、进口产品增值税；4、铁道、各银行总行、保险总公司集中缴纳的营业税、所得税、城市维护建设税；5、中央企业所得税；二、管理的体制不同。
中国分税制改革、国税地税机构分设快20年了，国税地税合并传言不断说明人们至今仍然没有搞清楚国税地税分设的原因及其必要性，说明财税理论基础知识宣传不够到位。笔者认为，无论从理论上看，还是从中国经济体制改革的方向看，不仅国税地税不存在合并的可能，而且随着税制改革的深化，地税部门业务会更加繁忙，两套机构分设会更为彻底。
从中国经济体制市场化趋向改革大的背景看，分税制改革是中国经济体制市场化取向改革的前提和基础。毫不夸张地说，没有分税制改革，经济体制市场化取向改革就是一句空话。而分税制改革的核心是，在划分中央政府和地方政府事权的基础上，划分中央政府和地方政府的财权。通俗地说，按照市场经济体制改革的要求，在确定中央政府和地方政府各自该管的事之后，各自去“找钱”完成这些事，各自设立自己的征税机构按税法征税获取收入去完成各自的事，这就是国税地税机构分设的根本原因。国税地税机构分设是分税制内在的构件，必不可少。在计划经济体制条件下，政府要做的事统一由中央政府指挥和分配，财权自然统一由中央政府安排和配置，征税的事统一由一套直属中央政府的税务机构来管。如果国税地税机构又合并，那么就变成要么中央政府承担了本应由地方政府负担的征税成本，要么地方政府承担了本应由中央政府承担的征税成本，而且背离了分税制改革的方向，背离了市场化经济体制改革的方向。因此，国税地方机构合并只有一种可能，那就是中国经济体制改革倒退，中国分税制改革倒退，重新回到计划经济体制，重新回到集中型的财税体制。
从国际经验看，实行分税制财政体制的国家，绝大多数都设立国税地税两套税务机构，尤其是在大国模型中，无一例外地都分设国税地税机构。美国、日本、英国等发达国家都分设了国税地税机构，许多发展中国家也都是分设国税地税机构的。尽管世界上实行分税制的各国都有各自的具体国情，但在分设国税地税机构这件事却是惊人的一致。而且，从历史上看，没有一个实行分税制的国家分设国税地税机构后又合并两套税务机构的。更为有趣的是，国外在财税改革方面的“传言”集中在税制改革方面，没有见到过“传言”国税地税机构合并的现象。作为同样实行分税制的国家，中国国税地税机构并不是独创，而是借鉴国际经验，中国分税制模式更多的是参考了德国分税制模式。
国内曾有一种观点，将国税地税机构合并且统一纳入地方政府管理的框架中。这种观点不仅忽略基本市场经济发展规律，而且忽略了基本政治规律。税权的掌握、税务机构管理权的隶属是一个国家权力完整的象征，是中央政府政权稳固的前提所在。古今中外经验表明，任何一个国家的中央政府都不会放弃税权、不会放弃对税务机构的管理。即便是像美国这种联邦制的国家，其中央政府仍牢牢地掌握着对“国税”机构的管理。
中国正在推动营业税改征增值税的试点，由于营业税是地税部门征管的重要税种，有观点认为随着税制改革的深入，地税部门业务会大幅萎缩，地税部门无独立存在的必要。这种观点没有认清中国税制改革的方向。随着税制改革的不断深入，地税部门业务不仅不会缩小，而且会有所扩大，地税部门的作用会更加突出。因为，中国未来分税制改革的方向是，中央与地方事权与财权更加匹配，地方支配的财政收入会有所增加。随着房产税改革的深入，房产税征管需要大量的人力物力，未来地方税务部门税收征管的主要任务是进行房产税征管。如果中国将来实行遗产税制度的话，地方税务的任务会更加繁重。
与地税的区别
地税局收所得税与营业税:地税局负责收取营业税；城市维护建设税（不包括上述由国家税务局系统负责征收管理的部分）；地方国有企业、集体企业、私营企业（不包括上述2002年后新办企业）缴纳的所得税；个人所得税；资源税；城镇土地使用税；耕地占用税；固定资产投资方向调节税；土地增值税；房产税；城市房地产税；车船印花税；契税；屠宰税；地方税的滞纳金、补税、罚款。
国税与地税，是指国家税务局系统和地方税务局系统，一般是指税务机关，而不是针对税种而言的。 国家税务局系统由国家税务总局垂直领导；省级地方税务局受省级人民政府和国家税务总局双重领导，省级以下地方税务局系统由省级地方税务机关垂直领导。因此，国家税务局系统和地方税务局系统分属国家不同的职能部门，一般是分开办公的，但是，也有一些地方的国家税务局系统和地方税务局系统是合署办公的。
国家税务局与地方税务局虽是两个相对独立的行政执法主体，有着各自的工作职责和征管范围，但都是政府的重要经济职能部门，共同执行统一的税收法律和法规，共同面对的纳税人。各地国家税务局、地方税务局不断加强协调配合，整合行政资源，共同致力于征管质量和效率的提高。建立联席会议制度，及时交流沟通情况，协调解决工作中遇到的问题。建立信息交换制度，定期交换数据信息，实现信息共享。加强日常征管工作的协作，通过联合办理税务登记证、联合开展个体工商户税额的核定、联合开展纳税信用等级评定、联合组织税收宣传、纳税咨询辅导、对同一纳税人欠缴税款实行联合公告、联合实施税务检查以及加强税收政策执行的沟通协调等方式共同做好对纳税人的服务和管理。
