新中国建立至1954年
这一时期是新中国中央国家机关体系的初创时期。中国人民政治协商会议第一次全体会议代行全国人民代表大会的职权。在中国人民政治协商会议第广届全体会议闭会后，中央人民政府委员会就是最高国家权力机关，是中央人民政府的领导机构，又是建国初期的集体国家元首。
中央人民政府委员会组织政务院，作为国家政务的最高执行机关。中央人民政府委员会组织人民革命军事委员会作为国家军事的最高统辖机关；组织最高人民法院作为全国最高审判机关；组织最高人民检察署作为国家最高检察机关。在中央和省之间还设有大行政区一级的国家机构即人民政府委员会或军政委员会。
1954年至1975年
中国中央国家机构的组织和活动进入了新的发展阶段。全国人民代表大会是最高国家权力机关，是行使国家立法权的惟一机关。全国人民代表大会设立常务委员会作为自己的常设机关。中华人民共和国主席由全国人民代表大会选举产生，同全国人民代表大会常务委员会结合行使国家元首职权。国务院即中央人民政府，是最高国家权力机关的执行机关，是最高国家行政机关。最高人民法院是最高国家审判机关。最高人民检察院是最高国家检察机关。
根据1954年宪法建立起来的中央国家机构体系十年动乱期间受到践踏和破坏，使之陷于半瘫痪状态。表现为：全国人民代表大会长期没有召开，普选不能按时举行；中华人民共和国主席长期空缺；国务院的职权被削弱，以党代政情况突出，中共中央文化革命领导小组和中共中央军委办事组控制了国家的大部分权力；最高人民检察院名存实亡，最高人民法院也受到严重破坏，等等。
1975年至1982年
1975年宪法关于中央国家机构体系的规定有诸多新变化：第一，规定全国人民代表大会是中国共产党领导下的最高国家权力机关，将任期由4年改为5年；削减了全国人民代表大会及其常务委员会的职权；全国人民代表大会常务委员会单独成为国家集体元首；第二，取消了中华人民共和国主席的建制，从而取消了国防委员会的设置，最高国务会议也不再存在；第三，取消了国务院由谁主持工作的规定，取消了国务院秘书长，并削减了国务院的职权，国务院各工作部门也大大压缩；第四，取消了最高人民检察院。机构很不完备，国家职能也不健全。1978年宪法除重新设置了最高人民检察院和补充了其他中央国家机关的一些职权外，与1975年宪法关于中央国家机关体系的规定相比，并未有什么大的变化。
1982年以后
1982年12月，第五届全国人民代表大会第五次会议通过的现行宪法，对中国国家机构系统作了明确规定。现阶段中国中央国家机关体系由全国人民代表大会及其常务委员会、中华人民共和国主席、国务院、中央军委、最高人民法院和最高人民检察院组成。
