水利工程专业最好的大学有：清华大学、河海大学、天津大学、武汉大学等。
1、清华大学
清华大学水利水电工程系（简称水利系）建于1952年，其前身是清华大学土木工程系水利组。水利系的学科布局覆盖水利工程一级学科的全部二级学科（水文学及水资源、水力学及河流动力学、水工结构工程、水利水电工程、港口海岸与近海工程）以及归属于土木工程一级学科的岩土工程学科和归属于管理科学与工程一级学科的建设项目管理学科，其中“水工结构工程”与“水力学及河流动力学”为全国重点学科。水利工程一级学科在2003年教育部组织的一级学科评估中综合排名全国第一，并于2007年首批被认定为全国重点学科。
2、河海大学
河海大学水利水电学院（College of Water Conserwancy and Hydropower Engineering， Hohai University）是河海大学二级学院，是水文水资源与水利工程国家重点实验室、水资源高效利用与工程安全国家工程研究中心和水安全与水科学省部共建协同创新中心的主要建设学院。河海大学水利水电学院源自1952年建立的水力发电系、水工结构系和水利土壤改良系，1954年，水力发电系和水工结构系合并为河川系，1958年，水利土壤改良系改名农田水利工程系，1985年，河川系改名水力发电工程系。1995年，以水力发电工程系、农田水利工程系和水利水电科学研究所为基础组建了水利水电工程学院。2009年，更名为水利水电学院，2018年，农田水利工程系、农业水土工程研究所、农业环境研究所及相关学科从水利水电学院划出。
3、天津大学
天津大学水利水电工程专业是国内最早设置同类专业的高等院校之一。是首批国家一流本科专业（2019）、首批教育部高等学校特色专业（2007）、首批教育部卓越工程师培养计划专业（2009）和全国工程教育专业认证专业，也是水利专业新工科建设和改革探索者。所在水利工程学科是首批国家一级重点学科，在第四轮教育部学科评估中排名A-（全国第3），建有大型地震工程模拟国家重大科技基础设施、水利工程仿真与安全国家重点实验室。
4、武汉大学
武汉大学水利水电学院是武汉大学下设的二级学院。学院始于1928年国立武汉大学工学院土木系水利组；1952年成立武汉大学水利学院；1954年国务院批准成立武汉水利学院；1958年更名为武汉水利电力学院；1993年更名为武汉水利电力大学；2000年四校合并成立新的武汉大学，原武汉水利电力大学的水利工程系、水力发电工程系、水资源与河流工程系及水利水电科学研究所整合成立水利水电学院。
水利工程就业前景
水利工程专业的就业前景非常广阔，就业率也很高。学生毕业后，可以从事水利水电单位及中小型水利工程技术应用与管理工作。主要面向基层水利单位，从事中小型农田水利工程规划设计、施工现场技术与管理、水利工程建设监理，也可从事质量管理、安全管理、造价计算、技术资料管理和水利水电工程运行管理等工作。
水利工程毕业生可在水利水电工程管理、设计、科学研究机构、企事业单位和高等院校从事相关的设计、施工、管理、营销和教学等工作。可在土木建筑、交通和市政工程及其他行业从事相关工作。可在水利水电资源开发、大型水利水电枢纽勘测、设计、施工、管理等领域从事规划、设计和科学研究工作。
水利水电工程培养具有水利水电工程的勘测、规划、设计、施工、科研和管理等方面的知识，能在水利、水电等部门从事规划、设计、施工、科研和管理等方面工作的高级工程技术人才。