一朝天子一朝臣，崇祯登基后诛魏忠贤是必然的，只是早晚的问题而已。
还是从明朝的政治结构来说。
明朝皇权集权程度之高，仅次于清朝，是之前历朝所没有的。但皇帝不可能每个人都像明太祖、明成祖这么勤劳，天天起得比鸡早，睡得比狗晚。实际上，废宰相之后，也就明太祖从头到尾都勤政，明成祖虽然精力充沛，但后期也没那么勤快了。
更重要的是，皇权与官僚体系的斗争早晚都要来。每一个朝代开创基业的皇帝权威一般都还比较强大，能够应付官僚体系，不至于被官僚集团挟制。但每个朝代到中后期，都会出现皇权受制于官僚体系的状况。当然，开国的时候就受制于世家大族的西晋和东晋，皇权就没强过，是个例外。即便如此，西晋在司马炎时期，世家大族也还是老实的，不至于凌驾于皇权至上。
所以，皇权在与官僚体系的斗争中，必须要依赖一些常规的官僚体系之外的力量的支持。一般来说，这种力量最强的无非是宗室、宦官、外戚这几个选择。这也是为什么几乎每个朝代都会难以避免的出现这些问题的原因。
光靠皇帝一个人，赤手空拳，要对付越来越成熟、越来越庞大的官僚体系是不可能的。而且，每个朝代越往后，皇帝都会越缺乏社会经验，处理与官僚体系的关系也会越来越困难。所以，每个朝代越往后就会出现越明显的宦官、宗室和外戚的问题。
明朝的问题就在于，宗室在成祖登基后被打压得厉害，也就是能保持个锦衣玉食而已，政治上连自保都做不到，更不用说夹辅王室了。明朝前期的皇帝因为和功臣之家相互联姻，外戚多少还可以给皇帝提供点支持。但到中后期，皇帝的生母出身多数低微，也没有形成有政治影响力的外企家族。
那么，留给皇帝的选择就只有一个了，如果皇帝不信任官僚体系，就只能信任宦官。而且，正如孟森先生在明史讲义里说的，明朝几乎每一个有点作为的大臣，都要得到宫内宦官的支持。就因为有宦官在皇帝与大臣中间做中介，皇帝与大臣才能保持相互信任。典型的比如张居正，没有冯保在宫内的支持，张居正也很难施展得开。
对皇帝来说，外戚和宦官自然是最容易得到信任的人。如果外面有外戚，里面有宦官，外戚与宦官之间就会相互制约，不至于外戚或宦官一家独大。而在明朝中后期缺乏有力的外戚支持的情况下，皇帝能够依靠的也就只有宦官了。反过来说，如果宦官从中弄权，皇帝是不大容易发觉的。
从这个角度，我们再来看看东林成党的“争国本”问题。
万历跟整个官僚体系关系闹僵，最起初的问题其实也就是在立储的问题上。万历想立福王，而整个官僚体系都认为，必须立皇长子，也就是后来的光宗。两边相持不下，万历就干脆不上朝，官员奏疏也不及时处理，甚至六部大臣空缺长达十年之久。这个问题僵持了差不多三十年，万历和官僚体系都不肯让步。一开始，官僚体系还算是坚持政治原则，也就是所谓的维护祖宗成法，到后面就纯粹是意气之争了，对士大夫来说，就成了个政治正确的事。
其实所谓祖宗成法说的立储立嫡，无嫡立长，用意不难理解，无非是怕皇帝因为私心宠溺，立小儿子为储，造成主少母壮的情况。但就光宗和福王的情况来说，其实只差了两岁，并不用太担心出现这种情况。
一开始，官僚体系是争国本，要求万历立光宗为太子。但光宗无宠，万历显然更喜欢福王，所以，万历后期的官僚体系极力要做的，就是保护光宗，不让福王夺嫡成功。这才有了梃击案。
从后见之明的角度看，梃击案至少在当时来说，要说是郑贵妃指使，证据是不足的。郑贵妃就是傻子，也不可能找一个疯子去光打死光宗。以郑贵妃宠冠后庭的情况来说，宦官争相攀附，郑贵妃如果真的想害死光宗，办法多的是，比如让人给饭里下毒，在操作上要简单多了，何必找个疯子去明火执仗的行凶？反而是主持审讯张差的东林党人锻炼成狱，以牵连郑贵妃乃至福王的嫌疑要大很多。从这个角度说，万历在处理该案的问题上捣糨糊，并不是没有道理的。
东林党人后来又说，光宗之死可能也是郑贵妃害的。但光宗登基的时候身体就不好，崔文升给的泻药究竟是不是郑贵妃指使的，也没什么证据，李可灼的红丸，更不见得就跟郑贵妃有关。至于所谓郑贵妃给光宗送了八个她宫里的宫人，累死了光宗，显然也不可信。光宗从登基到驾崩，总共才一个多月，他不干别的事了，天天就在宫里和八个美女乱搞至死？
反倒是东林党长期坚持反对万历皇帝派宦官外出挖矿和收商税，显得问题很大。现在很多人认为，东林党人多数出身江南，而江南当时已有资本主义萌芽，手工业发达，所以，东林党人反对收商税，其实就是保护江南手工业的利益，而不顾朝廷死活。也是因此，才有所谓阉党更顾全大局，而东林党人只是保全家乡利益而已的说法。
东林成党，多数是从所谓言路开始。后来被视为东林的刘 一燝尝言：“任天下事者，惟六官。言路张，则六官无实政。善治天下者，俾六官任事，言路得绳其愆，言官陈事，政府得裁其是，则天下治。”东林之所以能够成党，把持言论，也就是因为万历长期不补充六部长官，都御史也长期无人，所以下下面的大小言官纷纷上疏，或者弹击大臣，或者指斥时政，甚至直接谩骂皇帝，以邀直名。在一些关系国家前途命运的问题上，更是党争不已，不顾大局。
比如杨涟。杨涟确实看上去很悲壮，这没问题，这些年也有不少电影以他作为背景。但从当时的实际情况看，杨涟的做法显然过于激愤，没有考虑全局。天启四年的时候，叶向高还在当首辅，魏忠贤并没有完全控制朝廷，但杨涟突然上疏直至魏忠贤，要和魏忠贤决战。
其实魏忠贤也并不见得就容不下东林党。比如他对叶向高，就一直还是比较尊重的，在杨涟上疏之前，并没有对叶向高特别不满。还有朱国桢。他被迫上疏求罢的时候，魏忠贤也没有对他下杀手，反而说 ：“此老亦邪人，但不作恶，可令善去。”对孙承宗在辽东的举措，魏忠贤也是比较支持的。虽然派了宦官去前线观察，但并没有真的下杀手。
本来叶向高还想着能够笼络魏忠贤，逐步扭转形势，杨涟的上疏一来，等于提前发动决战，非要一战定生死，叶向高也被逼进死角，无路可退了，只能拜章求罢。叶向高一走，剩下的刘一燝、韩爌更加不是对手，就把朝廷留给了阉党。
从这个意义上说，而是意气之争，乃至卖直求名，党同伐异。
天启帝刚继位，出现了所谓的众正盈朝的情况，结果东林党在事关国家前途命运的辽东局势、财政等重大问题上拿不出什么好办法，不在做事上用力，就在“言路”上用力，把持舆论，在朝廷内部搞斗争，非要和阉党争个你死我活。最后把一些原本并不见得就是阉党的人也推到了阉党那边去。到天启四年魏忠贤把持朝政之后，有心想为国家和朝廷做点事而不只是求名保身的人，也只能依附于阉党。
所谓东林和阉党，本来就是很笼统的说法。当初三党和东林互斗，三党得势，把不肯趋附自己的都归入东林，东林得势，又把不肯趋附自己的都归入三党邪党，魏忠贤为了和东林斗，又拉拢各种反对东林的人。其实两边的逻辑都是一样的，东林这边认为，不是我们的人，就是阉党的人；阉党认为，不是我们的人，就是东林。
崇祯在天启朝岌岌可危，自身难保，对阉党自然是非常痛恨的。所以，他在打倒魏忠贤的时候，不管究竟是什么原因进入阉党的，都一律打倒，结果朝署为之一空。当初为了做点事不得不结交阉党的人，崇祯也不管还能不能用，都一起打倒。而当初反对阉党的人，也不管究竟能力如何，都加以召用。过了几年一看，东林的人也就是夸夸其谈，实际上也靠不住，只好又走回到老路上去，任用宦官。
反过来想想，如果当初官僚体系不要和万历闹僵，就让万历立福王为太子，让福王登基，难道就一定会比光宗当皇帝更糟糕吗？其实也不见得。光宗登基才一个月就驾崩，天启登基时才15岁，要他能有多大作为，自然不太可能。
天启和崇祯都曾在东林和阉党之间摇摆，先引用东林，发现靠不住了，再引用阉党。一个很重要的原因就是他们登基的时候年龄都太小了，没有能力驾驭本身已经混乱不堪的朝廷局势。而福王的健康状况要好得多了。如果是福王继承皇位，也许结果并不会比光宗继位更糟糕。