主要区别是，性质不同、产生背景不同、功能与价值不同，具体如下：
一、性质不同
1、菜鸟驿站
菜鸟驿站是一个由菜鸟网络牵头建立面向社区和校园的物流服务平台网络平台。
2、快递代收点
快递代收点是一款专业为小区物业代收点、小区便利店、街道超市、专业代收网点、校园代收点、快递公司网点、连锁店快递代收点、等快递包裹管理软件。
二、产生背景不同
1、菜鸟驿站
菜鸟网络于2013年5月28日成立，股东除了阿里巴巴、银泰、复星，还包括富春投资、顺丰和三通一达（申通、圆通、中通、韵达）等。2015年5月28日，阿里巴巴举行首届菜鸟江湖大会，菜鸟网络总裁童文红首次对外解读菜鸟战略，称菜鸟定位于“社会化物流协同、以数据为驱动力的平台”，并且明确五大战略：快递、仓配、跨境、农村和驿站。
2、快递代收点
因为网购的人越来越多，各个地方的快递包裹也多起来了，平时大家都要上班，没办法收快递，导致很多快递被小区物业或超市代签收，代收包裹太多容易乱造成无法及时的取件，所以需要一款APP来编码管理快递包裹，收件人凭取件码排队取件，就这样“快递代收点” 便成了物业和超市等代收点最便捷的快递管理软件。
三、功能与价值不同
1、菜鸟驿站
对于收货不便和有保护隐私需求的用户，在天猫和淘宝平台下单后填写地址时，从页面上选择菜鸟网络推出的“菜鸟驿站”即可免费使用代收包裹服务。除 “菜鸟驿站”免费代收包裹服务的持续发力外，菜鸟网络还将与合作伙伴在寄件上进行合作：通过整合零散用户寄件需求，减少最后一公里的物流成本，优化时效，提高用户体验。
2、快递代收点
为各类快递代收点提供批量快递入库、出库、签收短信通知、快递批量编号取件通知、出库记录、快递查件、快递包裹分类统计等功能。支持多种快递存放位置编码、多家快递公司编号编码管理模式和取件码的任意自定义。
参考资料来源：百度百科-菜鸟驿站
参考资料来源：百度百科-快递代收点