由于个体差异大，用药不存在绝对的最好、最快、最有效，除常用非处方药外，应在医生指导下充分结合个人情况选择最合适的药物。
患者可在医生指导下选用局部用药或全身用药的方式进行治疗。
单纯性霉菌性阴道炎治疗比较简单，局部用药包括克霉唑栓
剂、咪康唑栓剂或制菌霉素栓剂等，全身用药常用氟康唑
；对于复杂性霉菌性阴道炎，用药复杂、疗程较长，医生会根据真菌培养和药敏试验结果选择合适的药物。
单纯性霉菌性阴道炎
局部用药
局部用药可选用克霉唑栓剂、咪康唑栓剂或制菌霉素栓剂放置于阴道深部。
全身用药
未婚女性、不能耐受局部用药者及不愿采用局部用药者可选用口服药物，常使用氟康唑，顿服。
复杂性霉菌性阴道炎
重度霉菌性阴道炎
无论是局部还是口服用药，疗程均需要延长。局部用药可延长至7～14天；症状严重者，外阴局部可应用低浓度糖皮质激素软膏或唑类霜剂。
复发霉菌性阴道炎
医生会根据真菌培养和药敏试验结果选择合适的药物，分为强化治疗及巩固治疗，强化治疗阴道用药可选用咪康唑栓或软胶囊、克霉唑栓或片，口服用药可选用氟康唑。真菌学检查阴性后进行巩固治疗，每月发作规律者，可在每次发作前预防用药1次，连续6个月；没有规律的发作者，可采用每周用药1次，连续6个月。长期应用抗真菌药物者，应检测肝、肾功能。
妊娠期霉菌性阴道炎
选择对胎儿无害的局部唑类药物，7日疗法效果较好，禁止口服唑类药物。
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