连锁店和直营店的区别如下：
1、概念不同
连锁店是指众多小规模的、分散的、经营同类商品和服务的同一品牌的零售店,在总部的组织领导下，采取共同的经营方针、一致的营销行动，实行集中采购和分散销售的有机结合，通过规范化经营实现规模经济效益的联合。
直营店是指由总公司直接经营的连锁店，即由公司总部直接经营、投资、管理各个零售点的经营形态。总部采取纵深似的管理方式，直接下令掌管所有的零售店，零售店也必须完全接受总部指挥。
2、法律关系不同
直营店主要是指所有权属于公司并且由公司自己管理。连锁店一般来讲是指公司为了扩大自己在各个区域的市场，开几家或更多的直营店，我们讲的连锁店实质也应当是一种直营店，简单讲，多家直营店就是连锁店喽，在所有权上理所当然属于公司了，一般来说，连锁店有着统一的CI。
3、特点不同
连锁店具有经营理念、企业识别系统及经营商标、商品和服务、经营管理四个方面的一致性，在此前提下形成专业管理及集中规划的经营组织网络。
利用协同效应的原理，使企业资金周转加快、议价能力加强、物流综合配套，从而取得规模效益，形成较强的市场竞争能力，促进企业的快速发展。未来零售业不论走向何方，都将迈向连锁经营。
直营连锁的所有权和经营权集中统一于总部。其所有权和经营权的集中统一表现在：所有成员企业必须是单一所有者，归一个公司，一个联合组织或单一个人所有。
由总部集中领导、统一管理，如人事、采购、计划、广告、会计和经营方针都集中统一；实行统一核算制度；各直营连锁店经理是雇员而不是所有者；各直营连锁店实行标准化经营管理。
连锁店是统一配货的，旗舰店是官方的龙头店面。
连锁：统一采购，统一配送、统一标识、统一营销策略、统一价格、统一核算加盟：有一家总部，提供货源。更新产品适应市场、提供指导和帮助。
旗舰店首先要搞清楚“旗舰”的含义。旗舰是一些国家的海军舰队司令、编队司令所驻的军舰，因舰上挂有司令旗，故叫“旗舰”。
旗舰店是竞争加剧的市场经济时代的产物，对促进连锁经营、树立品牌形象均大有益处，而且也是企业拓展市场份额的有效手段。
旗舰的英文翻译是ultimate,即终极的,根本的,极限的,最后的。在当今日趋激烈的竞争环境里，市场机会对于小资本的独立创业者来说已是越来越少。
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