“将军”是对所有将官军衔的统称。
我国的将官包括少将、中将、上将（55年设大将，65年取消；87年设
一级上将，94年取消，以及上将没有实际授予过任何人），被授予这些军衔的军官统称为“将军”。
“司令员”是对
正师级和正师级以上单位的军事主官的统称（政治主官叫“政委”）。
我军正师级以上单位的军事主官都被称为“司令员”，比如
军分区司令员（正师职，大校衔）、
省军区司令员（正军职，少将衔）、
集团军司令员（就是“军长”，正军职，少将衔）、军区司令员（正大区职，上将或中将）、武警司令员（正大区职，上将或中将）、海军司令员、空军司令员、二炮司令员（均是正大区职、担任
军委委员，上将）
所以“司令员”并不是一个具体的职务。司令员可以是将军、也可以是大校，两者在军衔方面不能简单比较；
司令员的职务可以比任何将军都低（少将的最低职务时副军，最低职务的司令员是正师），也可以比一部分将军要高（正大区职的司令员的职务就比少将和多数中将高），而不同级别的将军和司令员之间不见得有隶属关系（集团军少将司令员就管不着军分区大校司令员），所以两者在职务和隶属关系上也都不能简单比较。