法律分析：可以的，两种保险不能重复享受，所以不需要一起交，在公司交五险的情况下，可以把农村合作医疗保险停缴。新农合是在农村必须是农村户口才可以，才能参加新农合，当年缴费，次年需再交钱才可以享受新农合。而社保就是所谓的五险一金：养老保险、失业保险、工伤保险、医疗保险、生育保险+住房公积金。新农合和社保不能并存，是可以相互转化的。
法律依据：《中华人民共和国劳动合同法》
第三十条 用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。
用人单位拖欠或者未足额支付劳动报酬的，劳动者可以依法向当地人民法院申请支付令，人民法院应当依法发出支付令。
第七十七条 劳动者合法权益受到侵害的，有权要求有关部门依法处理，或者依法申请仲裁、提起诉讼。
第八十五条 用人单位有下列情形之一的，由劳动行政部门责令限期支付劳动报酬、加班费或者经济补偿；劳动报酬低于当地最低工资标准的，应当支付其差额部分；逾期不支付的，责令用人单位按应付金额百分之五十以上百分之一百以下的标准向劳动者加付赔偿金。