二者在设立的条件、职责及佛法含义的区别如下：
1、设立的条件不同：
一般情况下只要有寺庙就有住持，而方丈必须是上规模的寺庙群才能有。并且方丈可以兼任多个寺庙，而住持则不能。一般来说，方丈必须由所在省的宗教管理部门和佛教协会任命才能生效。
2、职责不同：
佛教中一般用方丈代表方丈和尚，他们是寺院的最高领导者，同时有老师的职责。职掌全寺的修持（教育）、寺务（行政）、戒律和清规（法律）、弘法（布道）、经济财务等事权，等于政府的元首，社会的领袖。
住持：是佛教和道教庙宇寺院领导者的职务称谓。住持是庙宇寺院的当家职务，是“当家”职务的另一种称呼，能乘此职者，首先他是常常住在这个庙宇或寺院的常住僧人或道士。
就如我们所说的他是这个单位的固定工，而才具备了入选住持职务的首要条件。如娘娘庙的大当家某某道长就是娘娘庙的住持，还有二当家，三当家。但住持职位，目前还未听过称为二住持和三住持的。
3、佛法含义不同：
方丈：一丈四方之室。又作方丈室、丈室。即禅寺中住持之居室或客殿，亦称函丈、正堂、堂头。印度之僧房多以方一丈为制，维摩禅室亦依此制，遂有方一丈之说。
住持：之语义为“安住之、维持之”。原意指代佛传法、续佛慧命之人，后乃被用来指称各寺院之主持者或长老。此词用在寺职称谓时，又称寺主或院主。
参考资料来源：百度百科-住持
参考资料来源：百度百科-方丈
参考资料来源：凤凰网-方丈与住持有什么区别？
我国身为佛教圣地，各个地方都有著名的寺庙，在各个寺庙中每一个和尚的称呼都有所不同，当然也正是由于这些称呼的不同也引起了人们的关注。当然无论是长老还是主持还是方丈都有着自己一定的地位，毕竟在寺庙中也只有它们的存在才能够让寺庙更加辉煌，由于辈分不同，所以所存在的目的也会有所不同。
每一个寺庙中都会有一位主持，这样的主持也正是为了能够为维护好寺庙中大大小小的事物，这样的职位类似于班长。将寺院中的所有琐事都能够维护好，来将自己的职责尽可能的发挥以维护好寺院的形象。当然能够成为主持，也正是需要所有人的尊敬以及敬畏才能够达到的，所以寺庙中的每一个主持都有着自己独特的威严。
方丈并不是每一个寺院都会存在，只有有一定规模的较大的寺院，才会有方丈的存在，方丈的职位在主持以上。当然方丈的存在也正是需要管理好整个寺院的大小事务，对于方丈来说自己的存在便是所长一般的职位。所以也正是因为方丈的存在，才能够让整个寺院看起来更加整洁更有规范化，当然有一定规模的寺院当中也一定会有更多的琐事，虽然众多琐事一定是主持来维护，但是更大的事物需要方丈来确定。
长老一般为年长的方丈，或者主持在自己年轻时身职主持或者方丈，虽然如今并没有了一定职位，但是寺院中也会有很多人对他十分尊敬。身在寺院当中尊敬是必不可少的，无论是任何职位或者没有职位的小和尚都会受到众多人的尊敬，毕竟佛家用地也一定会用尊敬来回顾所有参观者。
我们看电视剧《济公》就会发现，济公虽然是一位道德高僧，但在寺庙中，他的地位还没有“主持”和“方丈”高，虽然这都是剧中的人不识真佛，但也让人不禁感到疑问：在寺庙里，到底是“主持”大，还是“方丈”大呢？
2·“住持”之语义为“安住之、维持之”。原意指代佛传法、续佛慧命之人，后乃被用来指称各寺院之主持者，或长老。此词用在寺职称谓时，又称寺主或院主。日本佛教界称之为住职。由于住持之住处称为“方丈”，故“方丈”一词亦被引申为住持之意。
3·主持与方丈的区别具体如下：
（1）方丈一般是接受传法的和尚 ，有法卷可证明其传承，住持则可以不必；
（2）有方丈的丛林必须制度健全，人员、规模等都有一定的要求，而有住持的寺院则未必；
（3）方丈往往具有一定影响力，如现在的方丈需要经省佛教协会批准、中国佛教协会备案，住持则不需要。