赔偿问题应遵循公平、合理、合法的原则，根据当地政府制定的相关规定确定赔偿标准和计算方法。
一、农田改造占用的赔偿原则
农田改造占用赔偿应遵循公平、合理、合法的原则，确保被占用农田的所有者或使用者得到合理的经济补偿，保障其合法权益不受损害。
二、赔偿标准和计算方法
赔偿标准通常根据被占用农田的面积、土地质量、产值等因素来确定。计算方法可能包括土地补偿费、安置补助费、青苗补偿费等各项费用。具体标准和方法需参照当地政府制定的相关规定。
三、赔偿程序和申请流程
农田改造占用的赔偿程序通常包括：申报、评估、协商、签订协议、支付赔偿等环节。被占用农田的所有者或使用者需按照规定的程序和要求，向相关政府部门提出赔偿申请，并提供必要的证明材料。政府部门在收到申请后，会组织评估、协商，并最终确定赔偿金额和支付方式。
四、特殊情况的处理
对于特殊情况，如农田改造占用涉及历史遗留问题、权属争议等，应根据实际情况进行特殊处理。政府部门会组织调解、协商，力求公平、合理地解决相关问题。
综上所述：
农田改造占用农田的赔偿问题应遵循公平、合理、合法的原则，根据当地政府制定的相关规定确定赔偿标准和计算方法。被占用农田的所有者或使用者需按照规定的程序和要求提出赔偿申请，政府部门会组织评估、协商并支付相应的赔偿。在特殊情况下，应根据实际情况进行特殊处理，确保双方的合法权益得到保障。
法律依据：
《中华人民共和国土地管理法》
第四十八条规定：
征收土地应当给予公平、合理的补偿，保障被征地农民原有生活水平不降低、长远生计有保障。
征收土地应当依法及时足额支付土地补偿费、安置补助费以及农村村民住宅、其他地上附着物和青苗等的补偿费用，并安排被征地农民的社会保障费用。
《中华人民共和国农村土地承包法》
第十六条规定：
承包方享有下列权利：
（一）依法享有承包地使用、收益的权利，有权自主组织生产经营和处置产品；
（二）依法互换、转让土地承包经营权；
（三）依法流转土地经营权；
（四）承包地被依法征收、征用、占用的，有权依法获得相应的补偿；
（五）法律、行政法规规定的其他权利。
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