您好，我是柯南吧知道团队的成员，很高兴能回答您的问题^_^
《名侦探柯南》中有黑衣组织人物登场有以下几集：
TV 版：
1 云霄飞车杀人事件
13 奇妙的寻人杀人事件
54 电玩公司杀人事件
128 黑衣组织十亿元抢劫事件
129 来自黑暗组织的女子 大学教授杀人事件
176 与黑暗组织的再会（灰原篇）
177 与黑暗组织的再会（柯南篇）
178 与黑暗组织的再会（解决篇）
230 迷一样的乘客（前篇）
231 迷一样的乘客（后篇）
271 隐藏匆忙中的省略（前篇）
272 隐藏匆忙中的省略（后篇）
286 工藤新一纽约事件（事件篇）
287 工藤新一纽约事件（推理篇）
288 工藤新一纽约事件（解决篇）
307 没有声音的证词（前篇）
308 没有声音的证词（后篇）
309 与黑暗组织的接触（交涉篇）
310 与黑暗组织的接触（追迹篇）
311 与黑暗组织的接触（决死篇）
338 四台保时捷（前篇）
339 四台保时捷（后篇）
340 厕所隐藏的秘密（前篇）
341 厕所隐藏的秘密（后篇）
345 与黑暗组织的直面对决 满月之夜的二元推理
385 斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音（前奏曲）
425 黑色的冲击！黑衣组织的魔爪伸来的瞬间
462 黑暗组织的影子 年幼的目击者
463 黑暗组织的影子 奇妙的照明
464 黑暗组织的影子 谜样的高额报酬
465 黑暗组织的影子 珍珠的流星
491 红与黑的碰撞 开端
492 红与黑的碰撞 血缘
493 红与黑的碰撞 疾呼
494 红与黑的碰撞 冥土
495 红与黑的碰撞 昏睡
496 红与黑的碰撞 侵入
497 红与黑的碰撞 觉醒
498 红与黑的碰撞 搅乱
499 红与黑的碰撞 伪装
500 红与黑的碰撞 遗言
501 红与黑的碰撞 嫌疑
502 红与黑的碰撞 洁白
503 红与黑的碰撞 决死
504 红与黑的碰撞 殉职
563 侦探团VS劫匪团 骚动
564 侦探团VS劫匪团 沉默
578 召唤危机的红色前兆
579 黑色13的暗示
580 逼近的黑之时限
581 摇曳的红色目标
剧场版：
M 5 通往天国的倒计时
M 13 漆黑的追踪者
剧场版特典：
M 8 特典 银翼的时间之旅
真人版：
2 工藤新一的复活 黑暗组织的对决
特辑：
与黑衣组织的对决历史 BLACK HISTORY
有FBI登场的有以下几集：
226 格斗游戏的陷阱（前篇）
227 格斗游戏的陷阱（后篇）
230 神秘的乘客（前篇）
231 神秘的乘客（后篇）
254 总局刑警恋爱物语4（后篇）
258 来自芝加哥的男子（前篇）
259 来自芝加哥的男子（后篇）
270 犯罪的遗物（后篇）
271 急忙掩饰的忽略（前篇）
272 急忙掩饰的忽略（后篇）
277 英语教师VS西部名侦探（前篇）
278 英语教师VS西部名侦探（后篇）
284 中华街的雨中幻影（前篇）
288 工藤新一纽约事件（解决篇）
308 残留下来的无声证言（后篇）
309 接触黑色组织（交涉篇）
311 接触黑色组织（决死篇）
336 东都现象所的秘密（后篇）
338 四辆保时捷（前篇）
339 四辆保时捷（后篇）
343 便利商店的陷阱（前篇）
344 便利商店的陷阱（后篇）
345 与黑衣组织直面对决 满月之夜的双重谜案
346 寻找屁股上的印记（前篇）
347 寻找屁股上的印记（后篇）
362 帝丹高中校园灵异事件（后篇）
425 黑色的冲击！组织魔爪伸来的瞬间
462 黑暗组织的影子 小小的目击者
491 红与黑的碰撞 开端
492 红与黑的碰撞 血缘
493 红与黑的碰撞 疾呼
494 红与黑的碰撞 冥土
495 红与黑的碰撞 昏睡
496 红与黑的碰撞 侵入
497 红与黑的碰撞 觉醒
498 红与黑的碰撞 搅乱
499 红与黑的碰撞 伪装
500 红与黑的碰撞 遗言
501 红与黑的碰撞 嫌疑
502 红与黑的碰撞 洁白
503 红与黑的碰撞 决死
504 红与黑的碰撞 殉职
508 卡拉OK包房的死角（后篇）
509 红白黄色与侦探团
563 侦探团VS强盗团（骚乱）
564 侦探团VS强盗团（沉默）
578 召唤危机的红色凶兆
579 黑与13的暗示
580 逼近黑色时刻
581 红色的摇摆目标
《柯南》其余作品中至今没有FBI登场
另：现在最新的TV 版《减肥时要当心》是635集，不是639集。因为之前的《怪盗基德忙碌的约会》《公主殿下爱魔术》《魔女不流眼泪》《命运的蓝色生日》都是《魔术快斗》漫画中的故事，应该是《魔术快斗》TV版2～5话。冠以柯南头衔，以柯南特别节目的形式播出，是不计入柯南系列动画集数的。不要被猪猪字幕组、PPTV、PPS的错误集数标注骗了。
希望可以帮助你
参考资料：百度百科、百度知道