元朝至元年间(1279-1294年)建七级佛塔。明朝时,先后有原铺、道陵、智庄、得众、至昌、宗彬、慈灼等僧人驻锡承天寺,多有建树。清朝初年又加以重修。承天寺鼎盛时期,有殿宇四十余座,田产千顷,僧众一千七百多人。全寺占地面积75亩,约五万平方米,清朝末年,承天寺衰败,颓垣碎瓦,凄凉满目。后云果、转薄、转溥、瑞明诸法师共同发愿进行修葺,并增建寮房僧舍,寺院重兴,焕然一新。
民国初年,云果法师圆寂后,会泉法师继任住持。会泉法师住持的七、八年间,也募款修建了寮房僧舍,开凿放生池,除自己主讲《楞严经》、《法华经》、《弥陀经》外,还延请国内佛学家前来讲演说法。后会泉法师任厦门南普陀寺住持,不久到新加坡住持光明山普觉寺,转尘法师继任承天寺住持。抗日战争时期,先后有弘一法师、性愿法师住寺讲经弘法,组织佛学研究会、念佛会、流通经书,创办养正院,培养僧徒。弘一法师在承天寺养正院讲经时,曾写一横披:“念佛不忘救国,救国必须念佛”,表达了一个佛教徒的爱国之心。
1982年,泉州市做出修复包括承天寺在内的一批历史胜迹的决定。曾在承天寺卓锡、当时任新加坡光明山普觉寺住持的会泉法师弟子宏船法师及爱国华侨积极捐资,支持修复工作。修复工作于1984年春动工,经过五年多紧张工作,第一期工程于1990年完工,并举行了开光典礼。重建后的承天寺殿堂楼阁垂檐飞甍,规模宏大,气势雄伟。