南京大学业务培养目标：本专业培养的学生要具备电工技术、电子技术、控制理论、自动检测与仪表、信息处理、系统工程、计算机技术与应用和网络技术等较宽广领域的工程技术基础和一定的专业知识，能在运动控制、工业过程控制、电力电子技术、检测与自动化仪表、电子与计算机技术、信息处理、管理与决策等领域从事系统分析、系统设计、系统运行、科技开发及研究等方面工作的高级工程技术人才。
东南大学自动化专业是以控制科学与控制工程、电气工程、信息工程、系统工程理论为基础，以电工技术、电子技术、计算机技术为主要手段，以“厚基础、宽培养、重能力”为特色的宽口径综合自动化专业，2005年成为江苏省首批品牌专业。2007年被评为首批国家级第一类特色专业建设点，2008年经教育部批准建设研究型大学控制类工程师培养创新实验区，2010年经教育部批准列入第一批卓越工程师教育培养计划，2011年入选江苏高校优势学科建设工程一期项目。自动化专业培养注重素质教育，要求学生具有深厚的自动化和电子与信息理论基础，具有很强的基于计算机软硬件的综合自动化系统分析、设计与应用能力。主要技术基础课和专业课有：电路分析、信号与系统、电子电路、计算机结构与逻辑设计、微机系统与接口、信息通信网络、自动控制原理、电力拖动与运动控制、自动检测技术、电力电子技术、运筹学、系统辨识、数字信号处理、数字图像处理、模式识别、计算机软件基础、计算机控制技术、过程控制、智能控制等。自动化专业设有控制理论与控制工程、模式识别与智能系统、检测技术与自动化装置、电力电子与电力传动四个学科方向，主要培养从事自动化研究与应用领域高素质综合自动化专业人才、研途宝参考考研。
南京大学文理方面会比较强，工科起步不久比较一般。东南大学的工科是相当可以的，自动化当然也就不错了，所以说东南的自动化比较好。 希望对你有所帮助。
温馨提示：答案为网友推荐，仅供参考