1、位置区域不同
广州站位于广州市荔湾区环市西路，广州东站位于广州市天河区。
2、站台线路不同
截至2015年2月，广州站有4个站台，7条到发线，途经的线路有广深铁路、京广铁路、广茂铁路、广佛肇城际轨道。广州站未来将增加至10个站台，20条到发线。
截至2016年9月，广州东站共有正线4条、到发线10条，基本站台1座、中间站台6座，共13个站台面；已建的轨道线路有广九铁路、广深铁路和广梅汕铁路，在建的引入线路有广汕铁路和穗莞深城际铁路。
3、轨道交通不同
广州地铁广州火车站是广州地铁2号线及广州地铁5号线的换乘车站，旅客可乘坐地铁前往广州各区。
广州地铁广州东站是广州地铁1号线、广州地铁3号线和广州地铁11号线（建设中）的换乘站，也是广州地铁18号线（建设中）的起始站。
以上内容参考 百度百科--广州站、百度百科--广州东站
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