冬春季节诸多病毒性疾病接踵而来，给养禽业带来许多无奈与困惑。临床鸡病诊断中如何区别温和型禽流感和非典型性新城疫病是一个常见的难题。这也是难以控制鸡只死亡的主要因素。因为这两个病的治疗方法是完全不同的，尤其是肉仔鸡，一旦误诊，错过了最佳治疗时机，鸡只死亡就很难控制。由于这两种疾病症状表现比较相似，临床上很难作出正确诊断，以至于不能安排合理的治疗方案。
（1）易感动物的鉴别
鸡新城疫是由副黏病毒引起的，易感动物是鸡，死亡率高于禽流感。鸡禽流感是由正黏病毒引起的，具有快速流行、持续时间长等特点，对禽类都有一定的互感性，鸡、鸭、鹅等禽类均易感染。
（2）临床症状的鉴别
就我国目前县、乡兽医防疫部门的现状而言，禽病的诊断90%以上还是通过临床症状和解剖病变，禽流感和新城疫给养鸡业带来的危害众所周知，但是能够从临床角度全面认识和区别禽流感和新城疫的还不是太多，正因为对这两种病的诊断混乱、处理不当、治疗方案不对路，才造成养禽业不可估量的损失。
新城疫虽然不分季节和日龄，但雏鸡40日龄前发生新城疫实际并不多见，因法氏囊病发后引发新城疫的除外。本病真正的第一个高发期是在40～70日龄。多数先出现非典型的病变，少量死亡。这个阶段感染后以死亡和出现神经症状的鸡为主。第二个高发时间段为蛋鸡开产阶段，一般在注射完新城疫－减蛋综合征二联油苗后5～15天常见，此时表现大多以蛋壳质量下降为主，也可见到绿色下痢，但很少引起死亡。该阶段感染主要表现为蛋壳薄、脆、白等症状。该病的发生与疫苗质量、免疫方式、免疫时间、接种剂量等有直接的关系。
禽流感的发生有明显的季节性，即冬春季多发。冬季过暖，春季过冷，流感就会发生。其次是环境差的鸡场，病原体的污染是一个很麻烦的问题，空气中、不同的动物体内、甚至水中都有，特别是高密度饲养区，粪便、病死鸡、污水等处理不当，常常带来较高的发病率。再者，鸡群抵抗力下降是发病的又一诱因。饲料水平决定着鸡群发病率。所以环境应激、营养、体质、药物的合理性等方面对判断流感的发生，具有较高的临床参考意义。
温和型禽流感发病鸡群症状表现为肿头，眼睑周围浮肿，有的冠和肉髯边缘因瘀血呈暗紫色，肉髯可变厚、变硬，触之有热感，有时出血，腿部鳞片有出血斑等症状，死亡率很低，每天0.5%的死亡，累积死亡10%左右。非典型新城疫一般没有肿头、眼睑浮肿，也不会出现冠髯出血、腿部出血现象，有较高的死亡率。呼吸道症状会从鸡群的某个区域出现，逐渐蔓延，一般5～7天全群出现呼吸道症状，而且呼吸声很特别，有“哏”怪叫，新城疫病的初期主要是咳嗽、呼噜、甩鼻为主的变化，继发感染的除外。
温和型禽流感病鸡初期只是拉稀，中后期拉黄色、绿色或黄绿色粪便，后期有部分或少量的拉橘黄色稀便，这个特点很重要，蛋鸡表现的更明显。而新城疫发生后，绝对不出现橘黄色粪便，粪便上的鉴别只有这个变化。
（3）剖检鉴别
①鸡颈部胸腺的变化：无论是非典型新城疫或是温和型流感，胸腺必定出现多少不等的出血点，严重红肿非常明显，也就是说胸腺出血和肿胀的严重程度和病的严重程度有关。新城疫引起的变化只是在前1～4对胸腺，出现出血或肿大的胸腺越靠前几对（上），说明发病的时间越长并且严重；温和型禽流感一般先出现下几对胸腺的出血或肿大，病情严重程度也和出现变化的胸腺位置有关系，初期一般是后几对（下）胸腺先有出血点和肿大。产蛋鸡胸腺退化，没有诊断意义。
②盲肠扁桃体的变化：这一点很重要也很好鉴别。新城疫病鸡盲肠扁桃体会出现严重的出血、肿大变化；如果是温和型禽流感，有部分引起盲肠扁桃体严重出血，有部分出血不严重，也有的不引起盲肠扁桃体出血。因此，要多解剖几只鸡，检查到底有没有盲肠扁桃体不出血的、或轻微出血、或轻微肿大的不出血的鸡只，如果是肯定的，诊断者就要心中有数了，已经有温和型禽流感的可能了。不论蛋鸡或肉仔鸡，这个变化都适用。
③腺胃的变化：对腺胃乳头的观察也是鉴别新城疫和禽流感的重要依据之一。禽流感病鸡腺胃乳头与乳头间出血，而患新城疫的鸡腺胃乳头出血、肿大。
④肠道淋巴细胞弥散处或弧结处的变化：鸡淋巴弧结一般在十二指肠降袢处（下段），呈条状不规则的岛屿状（2～3厘米），不发病时呈白色隐性存在，不出现明显的岛屿。如果是温和型禽流感多表现弥散性出血；新城疫不多见。
⑤淋巴弧结的变化：在卵黄蒂后2～6厘米内，有淋巴弧结存在，正常也是隐形的，一般只有发生新城疫时这里才出现变化，禽流感一般不出现变化。主要表现半个黄豆大小的弧结，典型或非典型新城疫只出现隆起，上面有1个或多个出血点或整个出血，典型新城疫则出现严重溃疡，并覆着有黏性绿色物质；死亡严重的温和型禽流感，也偶尔出现白色轮廓。
⑥回肠淋巴弧结的变化：这个变化温和型流感表现也是和卵黄蒂后的变化是一样的；新城疫也出现与卵黄蒂后一致的变化。
⑦盲肠细段和直肠黏膜：温和型禽流感这里不出现变化或不出现弥散出血点；而新城疫病鸡出现1个或多个米粒样的突起并出血，鸡的年龄、病症的严重程度与出血的严重程度或大小有关。一般情况下，直肠黏膜的变化不作为诊断新城疫或禽流感的依据，临床可以忽略。
⑧有无腹膜炎的发生：温和型禽流感可能会出现纤维素性腹膜炎，呈黄色。蛋鸡前期也只是出现纤维素性腹膜炎，后期才出现卵黄性腹膜炎。新城疫病鸡基本不出现腹膜炎，后期严重时有可能出现轻微的卵黄性腹膜炎。
⑨肝脏的变化：这也是临床上能够快速、直接、最有效地区分温和型禽流感和非典型新城疫变化的，温和型禽流感患鸡的肝脏呈紫黑色，新城疫患鸡肝脏没有这种现象发生。