堆肥的影响因素很多，主要包括：有机质含量、含水率、碳氮比、pH、温度和供氧。
（1）有机质含量
研究表明，堆肥中合适的有机物含量为20%～80%。有机质含量低，发酵过程中所产生的热量将不足以维持堆肥所需要的温度，并且堆肥肥效低；但过高的有机质含量又将为通风供氧带来影响，从而产生厌氧和发臭。
（2）含水率
在堆肥过程中，按重量计，40%～65%的含水率最有利于微生物分解。水分超过70%，分解速度明显降低；水分低于40%不能满足微生物生长需要，有机物难以分解。
（3）碳氮比
对于快速堆肥建议初始碳氮比为（20～40）∶1。如果原料碳氮比高，细菌和其他微生物的生长受到限制，有机物分解速度就慢，发酵过程就长，同时导致成品堆肥的碳氮比过高。堆肥施入土壤后，将夺取土壤中的氮素，使土壤陷入氮饥饿状态，影响作物生长。若碳氮比过低，可供消耗的能量来源少，氮素养料相对过剩，则氮将变成氨氮而挥发，导致氮元素大量损失而降低肥效。
（4）pH
一般微生物最适宜的pH是中性或弱碱性，pH过高或过低都会对堆肥发酵不利。在整个堆肥过程中，pH随时间和温度的变化而变化。在一般情况下，堆肥过程中的pH有足够的缓冲能力，使pH稳定在可以保证好氧分解的酸碱度水平。（5）温度
温度的作用主要是影响微生物的生长。一般高温菌对有机物的降解效率高于中温菌，现在的快速、高温、好氧堆肥正是利用了这一点。堆肥开始时，中温菌经过1～2天的作用，使堆肥温度达到50～65℃；在此高温下，堆肥只要5～6天即可达到无害化。如果堆体温度过低，将大大延长堆肥达到腐熟的时间，而过高的堆体温度（〉70℃）将对堆肥微生物产生有害的影响。
（6）供氧
氧是好氧微生物生存的必要条件，供氧量的多少与微生物活动的强烈程度和有机物的分解速度及堆肥的粒度密切相关。目前采用的供氧方法主要有主动通风和被动通风两种。可以利用装载机和动力铲或其他特殊设备翻堆、向堆体内插入带孔的通风管、借助高压风机强制通风供氧和自然通风供氧。
(1)水分：堆肥的干湿程度显著影响分解速度，无所作为肥的水分以60～75%最好，堆肥材料最好事先浸透。
(2)空气：通气良好，有利于好气性微生物活动，有机物分解快，但损失有机质及氮较多；通气差，有利于嫌气微生物活动，分解慢，但有机质及氮损失少。因此，堆积时不宜太紧，也不宜太松，可用通气沟或通气管来调节其空气。
(3)温度：堆内温度的高低度，影响不同微生物群落的活动。高温堆肥需要55～65℃高温期维持1星期以上，促使高温性微生物分解有机质，以加快和加强分解，以后慢慢降温，堆肥在中温性微生物的作用下分解有机物，促使腐殖质的形成和养分释放。
(4)酸碱度（pH）：大部分微生物适合在中性和微碱性条件下活动。所以在堆肥中要加入适量的石灰或钙镁磷肥中和有机质分解产生的有机酸。
(5)碳氮比（C/N）：一般微生物分解有机质的适宜碳氮比是25:1。而作物秸秆的碳氮比较大（60～100:1）。因此，在堆积时适当加入人粪尿、牲畜粪尿等含氮多的物质，调节碳氮比，以利微生物的活动，促进堆肥有机物质的分解，缩短堆肥腐熟时间。
影响堆肥发酵的因素有很多，但是一旦进入发酵过程，堆肥的水分、透气性、温度便成为了关键的控制因素，所以通常把这个3个因素称为堆肥三要素，三者相互影响，相互关联。
可以表述为：透气性调节是基础，水分调节是关键，温度调节是保证。
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1、有机质含量。
堆肥中最合适的有机物含量约为20%～80％之间。
2、碳氮比。
保证成品堆肥碳氮比为10-20:1和在堆肥过程理想的分解速度，堆肥原料的碳氮比为25-40（生活垃圾碳氮比一般在24 : 1左右）。
3、水分。
在堆肥过程中，按重量计50%～60％的含水率最有利于微生物分解。
4、温度。
堆体温度的作用主要是影响微生物的生长，一般认为高温菌对有机物的降解效率高于中温菌，现在的快速、高温好氧堆肥正是利用了这一点。
5、C/P。
C/P是肥料中的碳磷比。一般要求堆肥料的C/P在75～150为宜。
6、pH。
一般微生物最适宜的pH值是中性或弱碱性，pH值太高或太低都会使堆肥处理遇到困难。