正当莽应里在北方失利的时候，南方又出现了问题。事实上，1584年莽应里曾命令泰国阿瑜陀耶王朝的王子帕那莱（即后来的纳黎萱大帝）率部队协助他攻打北缅各部，平定阿瓦的叛乱，并想乘机杀害帕那莱。事先获悉这一阴谋，就于6月在孟肯宣布独立，并率军攻入缅甸。但莽应里迅速攻破阿瓦，帕那莱只好在勃固附近搜罗了一万余暹罗臣民后匆匆返回本土，在回程中他又成功地击退了一次缅军的追击。此后，帕那莱一直与缅甸军队周旋。莽应里后来在北方失败的原因之一也就在于他必须赶快回到南方抵御泰国的叛乱。当莽应里的大军追入暹罗境内时，帕那莱已经完成了“焦土政策”的准备，将几乎所有的抵抗力量收缩到坚固的大城内。由于事情的匆忙，缅军的数量并不太多，不足以围困阿瑜陀耶，只得撤退了。从1585年到1586年间，莽应里又两次发兵攻打阿瑜陀耶，并一度包围大城，虽然还有着柬埔寨的策应，但仍均遭失败。
而1585年，明朝命令元江土司那恕招抚车里的土司糯猛复归，于是糯猛向明朝进献驯象、金屏、象齿等诸多贡物，以谢其罪，明朝政府接受其供奉，允许车里恢复职位。东吁王朝随着阿瑜陀耶王朝和车里的分离，从此步入衰落期。莽应里的统治变得越来越不稳固，各地方的土司纷纷开始组建割据的力量，当年莽应龙时代的繁盛景象已经荡然无存。
1584年和1588年，莽应里在东吁和卑谬的两个叔父相继去世，莽应里认为自己的王位不再受到威胁，便重开了对开动武的企划。1590年，他不顾国内割据混乱，第三次向北方进攻。莽应里的大军攻打孟广，原来从孟密迁至此的罕烘、思礼等部曲不敌，逃奔陇川，思仁逃奔工回，孟广失守。此前，思仁跟从罕烘逃奔到孟广时，与投归缅甸的思忠的妻子甘线姑私通，就想娶她作妻子，然而遭到罕烘拒绝。至此，罕烘带着甘线姑逃到陇川，思仁到达雅盖，率领士兵战象进犯陇川，想要劫走甘线姑。此时明朝在陇川有防备，思仁无法得逞，就归附了北进的莽应里。莽应里于是任命思仁掌管孟密，该地的一切事宜均由其管理。莽应里进一步北上，攻打孟养，并将孟养的土司思真生擒。于是，孟养的部长思远协同思真妻向明朝求援，明朝给与他冠带，命令他带人回到孟养守卫。思远乘战乱自立为宣慰司，向明朝进贡战象和方物，得到明朝默许。但是，思远暴虐，不得人心，手下各部都怨恨他，引导莽应里的大军攻打孟养，声称要让思真回来重新统治孟养，思远没有能力固守，便逃到盏西去了。而孟养一部土司思轰，向明朝投诚内附，和蛮莫土司思正共同占据险要关隘抗击莽应里。云南巡抚吴定和黔国公沐昌祚调集大军救援各地，同时也起复邓子龙一起前往抵御，在明朝军队和孟养、蛮莫土兵联合打击下，东吁王朝军队战事受阻，再加上木邦的罕氏因为几代的仇恨而坚决打击莽应里侧翼，缅甸军队不得不退却了。
同年即1590年，泰王坦马罗闍去世，帕那莱正式即位为王，时年35岁，始称纳黎萱。他在位时，废除许多亲王在边境地区的领地，将全国分为若干行省，由国王任命的长官管辖，奖励商业贸易，促进经济发展。这对于东吁王朝来说可以称得上是克星到来。莽应里从北方回归后，即刻发动对泰国的战争，想趁纳黎萱立足未稳将其消灭。但是，莽应里是“下降之王”，而纳黎萱却是“上升之王”，莽应里迎来的自然又是一次失败。而他此后仍未觉悟，不断发动对外战争。
1591年，莽应里再次率兵围困蛮莫，土司思化向明朝告急。此时正值天气炎热，缅军停滞不前。明朝裨将万国春星夜行军赶到蛮莫，多设了大量的火炬以为疑兵，缅军恐惧而退却。万国春率军追击，大败敌军。莽应里随后又在1592年发兵进犯孟养和蛮莫，和孟密的思仁及其属下丙测相联合，当地的土同知思纪逃奔到等练山。明朝派出邓子龙又将缅军击败，莽应里的第四和第五次北进也均以失败而告终。
但莽应里始终不明白他所缺乏的恰恰不是战争而是休整。1592年，他被邓子龙击败后不多久便发动对泰国的大规模入侵。1592年底，泰缅主力决战于泰国廓沙拉，结果缅军大败，孤军深入的统帅即缅甸王储阵亡。缅甸从此在泰缅战争中转而处于劣势，这是莽应里万万没有想到的。1593年以后，泰军掌握了战场主动权，不断向缅甸发动进攻。1593年，泰军攻占缅甸南部的土瓦、丹那沙林。同年缅甸发生了孟族反叛事件，莽应里盲目扩大镇压的对象，这激起了孟人全面的抗争，毛淡棉的孟人头领依附于纳黎萱。1594年，暹罗又进占毛淡棉、马都八等地，吞并缅甸南部狭长地带大片领土。与此同时，纳黎萱还攻破了东邻柬埔寨，泰国进入了昌盛期。
