指令再审的案件，中级人民法院不立案是违法的。
《关于人民法院对民事案件发回重审和指令再审有关问题的规定》明确规定，各级人民法院依照民事诉讼法第一百七十七条第一款的规定对同一案件进行再审的，只能再审一次。上级人民法院根据民事诉讼法第一百七十七条第二款的规定指令下级人民法院再审的，只能指令再审一次。上级人民法院认为下级人民法院作出的发生法律效力的再审判决、裁定需要再次进行再审的，上级人民法院应当依法提审。
《公安部关于改革完善受案立案制度的意见》
（一）提起刑事复议、复核
控告人不服公安机关作出的不予立案决定，可以向作出该不予立案决定的公安机关申请复议。对于复议决定仍然不服的，可以向上一级公安机关申请复核。
（二）向检察院提起申诉
控告人对公安机关作出的不予立案决定的复议、复核不服的，可以向同级人民检察院控告检察部门提起控告、申诉。
控告人对人民检察院作出的同意公安机关不予立案决定不服的，还可以向上一级人民检察院提起立案监督复查申请。这里各地检察院的刑事立案监督细则有所差异，北京市人民检察院受理控告人不服下一级检察院同意公安机关不予立案的侦查监督复查申请，其他地区的需具体咨询视情况处理。
（三）向法院提起刑事自诉
控告人实施了上述救济途径都无果时，法律还规定了最后一条救济途径，那就是可以向人民法院提起刑事自诉，按照一审、二审、审判监督程序一步步进行了。
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