福建省重点实验室的运行管理在《管理办法》第四章中有着明确的规定。首先，重点实验室实行以依托单位领导为核心的主任负责制，主任由依托单位提名，经过业务主管部门审核并报省科技厅备案，需具备高水平学术水平和卓越的组织协调与管理能力，且每年在实验室工作时间不少于8个月，年龄不超过60周岁。
实验室设立学术委员会，作为学术指导机构，负责审议发展目标、研究方向等重要决策，每年至少举行一次会议，确保至少2/3的委员出席。学术委员会主任通常由非依托单位人员担任，由依托单位推荐并经审核后任职，同样需报省科技厅备案。委员由依托单位聘任，委员组成需包含国内外同领域的优秀专家，人数不少于7人，且依托单位委员不超过总人数的1/3，任期为5年，每届换届需更换1/3以上委员。
实验室人员构成包括固定人员和流动人员，如访问学者、博士后，固定人员不得兼职其他实验室。实验室注重学术队伍建设和人才培养，保证高水平技术团队和合理的人才结构。同时，实验室积极对外开放，实施资源共享，吸引国内外人才，并积极参与国内外学术交流与合作。
知识产权保护也是重点，所有研究成果需标注实验室名称，专利申请等需遵循国家规定。实验室需建立完善内部规章制度，规范经费使用，强调学风建设和科学道德，确保数据、资料的真实性和科学性。如需变更名称或结构，需由主任提出报告，经学术委员会、依托单位和业务主管部门审核，最后报省科技厅核准。
运行经费主要由依托单位和业务主管部门承担，省科技厅根据年度预算和实验室的考核评价提供补助。这些规定旨在确保实验室高效、规范地运作，推动科研成果的产出与创新。
福建省重点实验室建设与运行管理办法[1]