一、对土壤要求不同。
南瓜根系庞大，对各种环境的适应性强。通过嫁接后的西瓜苗，在生命力顽强的南瓜根系的供给下，西瓜苗可以得到的养分水份更多，也因为根系的顽强，对于土壤要求也不那么严格。
但是原生苗相对于南瓜根系就差了不少，对于土壤要求较高，适宜在土壤较疏松，排水良好，土壤肥沃的瓜地里面生长。
二、土壤重茬问题也有区别。
嫁接苗的出现，就是为了应对西瓜种植的重茬问题。西瓜本为忌重茬种植的，但是通过嫁接后，利用南瓜根系的抗重茬效果，可以在同一块地上连续种植西瓜。当然了，这个抗重茬性并不是完全杜绝病害，所以种植3年左右最好更换土地。
那么西瓜原生苗就无法应对重茬问题，所以原生苗种植最好选择在没种植过西瓜的地块上种植为好。即使土壤消毒，也会产生一定的影响。
三、移栽注意点区别。
因为考虑到土壤内，因重茬种植的病害，所以在移栽嫁接苗的时候，尽可能不要使嫁接伤口位置接触土壤，避免伤口感染病害，而影响到西瓜成活率。那么，原生苗就不用考虑这么多了。
四、缓苗后整枝注意点区别。
原生苗在伸蔓期整枝并没有什么特别的地方，但是嫁接苗就需要注意在嫁接口位置，可能会萌发砧木芽点。这个是需要及时清理的，这些原砧木芽点生命力强，很容易争抢到生长主导位置。那时候，长出南瓜，不见西瓜了。
一般的话嫁接会更加甜。
西瓜嫁接葫芦比较甜
西瓜幼苗对温度、湿度、养分的要求也更高。比如，西瓜根入地深，对氮的需求量大，因此要多用化肥来催大催熟。葫芦根入地浅，对氮的需求量小，而对磷、钾及其他一些微量元素的需求量更高，因此瓜农只需要多施富含这些养分的农家有机肥，就能达到同样的效果
提高西瓜嫁接育苗中的嫁接成活率，是解决西瓜产区轮作困难和抗重茬栽培，提高效益、降低成本的重要环节，应注意掌握以下4点
1.砧木的选择。选择的原则，第一，针对当地土壤主要致病生理小种，选择抗当地主要致病菌的专化型砧木。第二，砧木与西瓜接穗品种亲和力强。第三，砧木对西瓜果实品质无不良影响，并能明显提高产量。第四，砧木育苗和嫁接操作省工方便。
2.要注意培养下胚轴粗壮的砧木和嫁接苗。
3.熟练掌握嫁接技术，首先要注意使砧木和接穗的贴合面尽可能宽大，这样有利于较多的维管束导管、筛管融合连通；其次要注意使砧木和接穗嫁接时结合紧密，顶插接时接穗要插紧，靠接和切接时要注意捆或夹的力度；第三，嫁接时的动作快而准，尽量减少砧木和接穗面在空气中的暴露时间。
