大多数是无害的，有些含有放射性元素需要当心。
萤石来自火山岩浆的残余物中，在岩浆冷却过程中，被岩浆分离出来的气水溶液中含有许多物质，以氟为主，在溶液沿裂隙上升过程中，温度降低，压力减小，气水溶液中的氟离子与周围岩石中的钙离子结合，形成氟化钙，经过冷却结晶后就得到了萤石。
萤石矿为花岗岩、伟晶岩、正长岩中的副矿物。在碳酸岩、碱性侵入岩中和火山周边的喷气孔旁均能够发现萤石。
有些萤石的内部含有微量的铀金属，当
铀元素持续地放出
电离辐射时，萤石结构中的部分钙原子与氟原子便会逐渐分离，此时内部含有游离氟的萤石变种，被称作呕吐石。当该矿物碎裂时，所释放出的游离氟可以与气态水发生反应，形成臭氧和
氟化氢，继而发出臭氧的怪味。