余干地处亚热带，气候温和湿润，光照充足，雨水充沛，无霜期长，季风明显，四季分明，有利于农作物的生长。多年平均气温为17.8℃，最冷月1月平均气温5.2℃，极端最低气温为-14.3℃，最热月平均气温29.7℃，极端最高气温为40℃。近10余年，冬季气温逐渐变暖，大霜、大雪、大冰冻天气少见。
（1）气温：本地气候属亚热带湿润性季风气候，主要特点是春暖、夏炎、秋爽、冬寒，气候平和，四季明显，水量充沛，光照充足，无霜期长，有利于农作物的生长。多年平均气温为17.8℃，最冷月1月平均气温5.2℃，极端最低气温为-14.3℃，最热月平均气温29.7℃，极端最高气温为40℃。近十余年，冬季气温逐渐变暖，大霜、大雪、大冰冻天气少见。
（2）光照：年平均日照时数为1872小时，日照率42%，太阳辐射总量100.29千卡/平方厘米，历年平均无霜期为256天。
（3）降水、蒸发：年平均降水量为1586.4毫米，4、5、6月为降雨集中季节，占全年降水量的40－50%，月平均降雨量都在200毫米以上，年平均蒸发量为1557.7毫米，7－11月的蒸发量均大于降雨量，有明显的伏旱和秋旱现象，年平均相对湿度为81%。
（4）风：城区常年主导风向为北风，夏季主要风向为偏南风，年平均风速3.5米/秒，本地属赣东北较多大风区，57%的大风出现在4、7、8三个月。1964年曾出现过最大风速超过40米/秒（12级以上），对县城造成严重破坏。 信江为流经余干第一大河。源于浙赣两省交界的怀玉山东北麓平家源，经玉山、上饶、贵溪、鹰潭、余江等县市，再由县东南炭埠入境，至潼江滩分两支。一支由东向北，经过县城马背咀入珠湖，称东大河，另一支向西经瑞洪入鄱阳湖，称西大河。另外县城边缘还有三塘河和互惠河，在大兴水利时被堵塞，今已成为无源之河。信河年平均流量888立方米/s，98年最高梅港水位为29.84米（吴淞水位），70年最枯流量为60立方米/s，最低水位18.04米，81年最枯流量为50.8立方米/s，最低水位17.93米。洪水频率为5%（以上数据来源于1993年余干县城总体规划设想）。
县城内地下水资源丰富，在余干县内信江河谷的松散岩孔隙水区中部，即枫港——县城——保安山煤矿一带覆盖岩溶水，县城－杨港一带，含水层汇水面积达68*106平方米，覆盖型裂隙水开采资源量为31.4万吨/日，地下水位3—6米，可做县城供水源地。地表水有信江东大河，流经县城，多年平均径流量175.6亿立方，县城周围河段为二类水质。 余干县经历了多次构造运动，其形成的构造特征可分为社庚至五雷复背斜，余干镇至枫港复向斜，瑞洪至康山坳陷带等构造带。
余干县城无沉陷、坍落、滑坡、风化等不良地质现象，根据《福建江西地震列度图》余干地震列度为6度。县城属二级阶地冲积平原区，地面土层较厚。城中心市湖一带结构不稳定，属山前冲积扇，有纵横交错沟塘，沉积时间短暂，土层大体分为：填土层、含淤泥轻亚粘土层、亚粘土层、细砂层，分层无明显界线，并有尖灭现象。填土层、含淤泥轻亚粘土层、亚粘土层的承载力低（5－10T/平方米），不能作为天然的地基持力层。县城外围干越大道一带土层结构较稳定，大体为填土层，粉质粘土层，中砂层园砾层，粉质粘土有良好的承载能力，是较好的天然地基土。
