1959年初，吉林省委有关领导在长影小礼堂里，审查林农导演的《船厂追踪》完成片。吉林省委书记吴德和省委其他一些领导人在座。
《船厂追踪》放映之后，吴德赞扬了这部片子，又说：“今后还是可以生产一二部重大历史题材的影片的，像上海的《林则徐》，在全国放映很受观众喜爱。我们也可以搞一搞这样的片子嘛！……”
1959年的八九月，长影厂党委决定要拍《甲午风云》。支书吴必克通知林农说：“亚马（长影厂厂长）决定让你拍《甲午风云》了。 ”当时，林农并没有马上表示态度。他先是找到剧本看了一遍，然后，直接找厂长亚马，谈出个人的意见：“这个题材我实在难以掌控，没有历史认识，恐怕很难完成任务……”亚马回答他说：“你不拍谁拍呀，你先看看有关历史资料，熟悉熟悉情况。”其实，林农是有顾虑的。在头一年整党整风的时候，林农曾经莫名其妙地受到了留党察看二年、行政降一级的处分，理由是不配合形势，态度消极。对于拍摄新片、特别是驾驭历史题材，林农确实是从政治导向上心有余悸。
1960年年初，电影文学剧本即将完成之际，林农突然接到厂办通知，要剧组主创人员赶紧到省委去汇报《甲午风云》的筹备情况，省委领导都说这部影片对于反帝有现实意义。傅振声最后提了一点意见，他说剧本中慈禧坐船游颐和园一场可以去掉，因为毛主席曾说过，满清腐败，建立了海军也是不行，还不如留下一个颐和园，对于现在还有点用处……
回厂后，亚马指示：“赶快完稿，打印剧本，进入筹备，今年要拍完……”
1960年二三月份，《甲午风云》的剧本终于修改完稿，四五月间，正式开拍。这期间发生了几件事。
影片开拍不久，有人传话，说是传达厂党委的指示，对林农抗拒省委指示一事，开两天党支部大会，对林农进行批评教育。原来，省委领导明确指示不要慈禧出场，可在最后剧本定稿后，依然有慈禧的戏。虽然没有了游颐和园，但又加了上朝的戏，这是明显的阳奉阴违，这样做就是资产阶级的历史观。当时，林农急忙申辩：傅振声只是提出删掉慈禧游颐和园的戏，并没有说完全去掉慈禧这个人物；其二，慈禧仅有的一次出场，是揭露她的腐败无能向日本屈膝投降的场面，有着深刻的反面教育意义。怎么是资产阶级历史观呢？
会后，林农来到亚马的家里，反复申明自己的观点。亚马说：“好嘛，好嘛！对头！就按你的想法干……”
没想到，一波刚平，一波又起。
5月底6月初，内景的拍摄刚告一段落，一个周末的晚上，林农碰到了一位厂领导。这位领导说：“林农，我看邓世昌这个人物得搞成一个资产阶级革命家，他在美国留过学……”林农一听，忙说：“邓世昌没到美国留过学，他只到过德国，而且是去接受当时满清政府在德国订购的一只军舰。 ”领导很不以为然：“唔！我知道他留过学，你一定要搞成资产阶级革命家……”
林农很郁闷，但他转念一想，厂领导说话又不是权威，何况也没有下发正式文件。你说你的，我拍我的。
1960年6月底到7月初，大部分内景样片完成时，全组来看样片，林农特意请厂党委的领导也来审查一下。这一次，省里主抓文教的书记也来了。内景样片看完后，这位书记站起来，很不满意地说：“这要超过《林则徐》，够呛！ ”林农跑上前去问道：“书记，您还有什么具体意见没有？”书记一面走一面说道：“你的创作思想有问题！”林农更加不解。书记说：“你这里头就没看到渔民的戏……”林农解释说：“这是内景样片，表现渔民和打日本的戏，大都在外景，现在还没拍呢！ ”两人争论了几句，不欢而散。
第二天，摄制组大队人马拉到旅顺去拍外景，大约拍了十天左右，厂领导派人到外景地传达指示：一是历史是人民创造的，在戏中要突出人民的作用，具体地就是要在结尾时，加上渔民揭竿而起；二是邓世昌是资产阶级革命家，最后要同满清决裂。林农对这两点指示是不同意的，他的理由是：渔民揭竿而起，是不符合历史史实的，况且当时的渔民反对满清也是没力量的；其二，邓世昌不可能是资产阶级革命家，也不可能和满清做最后的决裂，没有资料记载邓世昌是反对满清的。
林农自始至终地坚持自己的观点，决不让步。这样僵持了两三天，当时，林农也考虑到自己的处境，如果再坚持下去，很可能引火烧身。果然，接着就开摄制组的党小组会，林农没再敢过于坚持己见。后来，林农召集李默然、庞学勤等主要演员，大家坐在一起出主意，想办法。在接下来的拍摄中共加了两场戏，一是在最后海战中，眼看北洋舰队就要失利的时候，邓世昌命令王国成下海游回威海去找李大爷，并说“要想打日本，靠朝廷不行了”；另一场就是邓世昌和日舰相撞后，王国成回到威海，由李大爷撞钟号召，渔民打起火把，从四面八方蜂拥而来，最后宣誓要抗日到底的场面作为结尾。
1963年年初，影片正式在全国公开放映。
