管理科学与工程研究领域广泛，涉及多个深入方向。首先，资源优化管理方向融合了经济科学、技术及管理科学，尤其在物流工程领域，对配送规划、物流共同化和信息化研究已达到国际前沿，显示出开创性和前沿性。供应链管理研究则聚焦于供应链设计、ERP应用、生产计划与调度等，研究成果在企业管理中有着广泛应用。
其次，决策科学是一门运用逻辑推理、定量分析的学科，研究决策理论和决策者行为，为个体和群体决策提供科学方法。尽管已有成就，但决策科学的理论仍有待深化，且在市场学、项目管理和金融财务等领域中发挥着指导作用。
项目管理作为一门新兴边缘学科，结合业务技术、计算机技术和网络技术，研究项目计划、调度与统一管理，以及绩效评价方法和项目管理信息系统设计。项目风险的预测与管理也是其重要组成部分。
公共工程组织管理则以管理学为基础，与其他学科如公共经济学、工程科学等交叉，研究公共工程项目决策、评价、组织优化和电子政务，国内研究水平领先，形成了独特的研究特色。
此外，管理科学与工程还有系统分析与决策、宏观经济管理、技术经济与管理等众多研究方向，涵盖了管理信息系统的应用、工业工程等多个领域，体现出其多学科交叉的特性。
管理科学与工程是综合运用系统科学、管理科学、数学、经济和行为科学及工程方法，结合信息技术研究解决社会、经济、工程等方面的管理问题的一门学科。这一学科是我国管理学门类中唯一按一级学科招生的学科，覆盖面广，包含了资源优化管理、公共工程组织与管理、不确定性决策研究和项目管理等众多研究领域，是国内外研究的热点。