南京的明代皇城区，位于城市的东部，核心是皇城与宫城，以突出皇权的神圣为主题，中央机构以大明王朝的最高权力象征——只有三法司设在太平门外。宫城，又称紫禁城，是朱元璋的起居、朝政之地，由精通堪舆的刘基规划，坐北朝南，规模宏大。宫墙初期有4座城门，后增至6座，包括午门、左掖门、右掖门、西华门、东华门和玄武门，其中玄武门因《易经》寓意而得名。
午门是传达圣旨的中心，也是廷杖大臣的地方，尽管较为文明。奉天门是皇宫的核心三大殿之一，是重大典礼的举行地，象征着繁忙的政务。奉天殿两侧有文楼和武楼，后有华盖殿和谨身殿，构成宫城前朝的主要部分。后宫由乾清门、乾清宫、坤宁宫等组成，制度严谨，规定宫人不得随意出宫或通信。
皇城环绕宫城，建有7座城门，如洪武门和承天门，前者连接千步廊和中央官署，后者成为进入宫城的重要通道。皇城内有宦官监和中央官署，如五部六府，还有专门的祭祀场所，如天地坛、太庙和奉先殿，反映了朱元璋对文化的重视和对政权的巩固。中央官署如六部和三法司，分别位于皇城和城外，体现了文武分治的格局。
南京城的建造工程由工部主导，营缮所负责实施，整个城市的规划和建设体现了朱元璋的统治理念和民众的认同。尽管皇城和宫城的遗迹如今只剩下部分，但它们的历史痕迹和文化意义依然深重。
皇城，通常指东方国家都城建筑中，位于都城与皇帝、皇族所居的宫城之间的区域，由城墙围绕，具有独立的城门。皇城内通常布置宗庙、官衙、内廷服务机构、仓库和防卫等建筑，以及园林苑囿。