南京市现辖玄武区、鼓楼区、秦淮区、建邺区、雨花台区、栖霞区、江宁区、浦口区、六合区、溧水区和高淳区11个市辖区，其中玄武、鼓楼、秦淮、建邺、栖霞和雨花台六区被称为主城区。
2019年1月，南京共有100个街镇，其中街道94个、乡镇6个。六个主城区以及浦口区和江宁区全部由街道办事处组成，六合区则由11个街道办事处和1个镇组成，溧水区包括5个街道办事处和3个镇，高淳区包括6个街道办事处和2个镇。
中华人民共和国建国初期，南京为全国13个中央直辖市之一。1952年底，南京市与苏南行署区、苏北行署区合并成立江苏省，次年1月1日江苏省人民政府成立，以南京市为省会。
南京市人民政府1949年5月成立时，全市辖境为559.28平方千米（市域）。1953年，原江宁、句容、六合各县的一批乡镇划属南京市。大跃进前期江宁、江浦、六合三县划属南京而后又划出还原建置，1971年这三县再次划入南京市。
1983年，溧水、高淳二县划入南京辖区，南京市辖域基本达到目前规模（市域）。2000年，江宁撤县改区。2002年，江浦县与浦口区、六合县与大厂区分别合并为浦口区和六合区。2013年，秦淮区与白下区、鼓楼区与下关区分别合并为新的秦淮区和鼓楼区，溧水、高淳撤县改区。
此外，南京江北新区直管区于2017年成立，南京江北新区为南京市政府派出机构，管辖原浦口区和原六合区若干街道，江北新区人民法院于2020年正式成立。南京紫东地区于2019年成立，为南京市重点发展区域，内含有南京市直部门麒麟高新区，南京经济技术开发区以及市政府派出机构仙林大学城。
地形地貌
南京素有“天然地质博物馆”之称，长江漫滩、富水软土、岗地、岩溶等多种地貌单元并存 。
南京属宁镇扬丘陵地区，以低山缓岗为主，低山占土地总面积的3.5%，丘陵占4.3%，岗地占53%，平原、洼地及河流湖泊占39.2%。宁镇山脉和江北的老山横亘市域中部，南部有秦淮流域丘陵岗地南界的横山、东庐山。
南京平面位置南北长、东西窄，成正南北向；南北直线距离150千米，中部东西宽50至70千米，南北两端东西宽约30千米。