1898年9月18日，光绪帝发出“朕位且不能保“的密诏于康有为等维新派人士，鉴于形势突变，康有为决定铤而走险，他开始策划包围颐和园，控制住慈禧太后，并杀死时任直隶总督的荣禄，而能担此重任的只有在天津小站编练新军，手握军权的袁世凯。当夜，谭嗣同来法华寺找到在此宿居的袁世凯，将上述计划告知袁世凯，袁世凯起先并不同意，认为此举“大逆不道”，可维新派苦苦相逼，不得已先权作答应谭嗣同的请求。
9月20日，袁世凯见过光绪后就回天津了。1898年9月21日慈禧太后等发动戊戌政变，维新派的康、梁二人分别逃往国外，谭嗣同自愿留下要为变法而死，以唤醒国人，他写下“我自横刀向天笑，去留肝胆两昆仑”之绝笔，与其它五位变法骨干一起被清廷所杀，史称“戊戌六君子”，光绪帝则被慈禧囚至中南海瀛台。晚清时期，维新派主张变法，希望通过提倡先进科学文化，改革政治、教育制度，发展农、工、商业等的资产阶级政治经济制度，以改良中国传统社会的努力最后以失败告终。
袁世凯久历宦海，军队官场这一套没有人比他更清楚，其中的利害关系他更加知道，而他发动兵变性质更为严重，根本就是谋反，这个罪名比任何罪名都要厉害，不仅是自己掉脑袋，全家都要被牵连进去，更主要的是，如果让他发动兵变，就他现在的实力，连半分成功的把握都没有，毫无悬念，绝无侥幸，百分之百是成功不了，何况他所练得新军也不是说调就能调动的，如果他的顶头上司荣禄下令，没有我的命令，不得调动一兵一卒，你能有什么法子!
袁世凯也不是守旧的官僚，甚至他还表现的很开明，他也是十分赞成皇上变法，要不谭嗣同也不会找他。但是他现在最要紧的是立刻跟维新派撇清关系，诛灭九族可是闹着玩的。袁世凯当初有没有真的答应谭嗣同起兵勤王和诛杀荣禄还不好说，但是袁世凯要自保及保全家人只能向他的上司荣禄报告一切，报告的越早越好，等到后党动手后再报告恐怕就晚了，康党分子是必死无疑的。当然，后党恐怕早就在密切的监视着帝党的一举一动了，皇帝特别恩遇袁世凯及袁世凯与维新派人士有来往，他们肯定也都掌握，甚至帝党计划起兵恐怕也知道了。后来袁世凯接受《泰晤士报》专访的时候说，他回到天津并没有告密，而是荣禄先来问他：“是不是要取我项上人头，你们的阴谋我早就知道了，你还是趁早交代吧!”袁世凯当时说：“那都是一些政客野心家的阴谋，皇上毫不知情。”
但不是不管袁世凯有没有告密都不是很重要的了，总之帝党还是处于绝对的劣势，后党势力发难，帝党全军覆没。就在光绪二十四年八月初四日的傍晚慈禧太后突然离开颐和园，返回紫禁城，老太太终于动手了，到了八月初六光绪皇帝被关了禁闭，成为了瀛台的囚徒，老太太以光绪的名义下诏，请皇太后主持大局。慈禧太后再度训政，做的第一件事当然是大肆逮捕康有为等维新派人士。
戊戌变法失败的原因