从题目来看，这个市应该是县级市，县级市的直属单位机关一般都是正科级，与县级市的乡镇长都是科级干部。回到正题，如果县级市的直属机关的科长有机会下放到乡镇，那这当然是个好的提拔机会，一般情况下，肯定都会欣然赴任的。
主要原因如下：
一. 市直机关赴任乡镇长，相当于是提拔重用；
县级市直属机关科长赴任乡镇长，虽然表面上来看，行政级别一样，都是科级干部，但在下面的乡镇长的含金量显然更高于直属机关的科长。
乡镇级虽然是中国最小的行政体制，但麻雀虽小，五脏俱全，内部组织分工明确。再加上乡镇需要面对的下面的各级村委，甚至村民，可以说是政府级别最基础的层级，很多事情较为复杂，工作任务繁重，需要乡镇长有较高的领导能力及沟通协调能力才能够处理好。与市级直属机关的事务相比，处理起来更为复杂和棘手，所以要想成为一名合格的乡镇长，还是比较困难的，对乡镇长也是一种能力的考验。正因为这样，相对而言，乡镇长的含金量会更高。
二. 是一次非常好的锻炼机会。
第一条已经说过了，要想成为一名合格的乡镇长，需要较高的掌控能力、沟通协调能力及统筹能力，还需要一定的政治敏锐性，再加上乡镇工作的复杂性，这对一个能力提升来说，是非常好的一次锻炼机会。
三. 有利于再次得到提拔重用的机会。
首先，如果一名干部有着基层乡镇工作的经历，在面对进步的机会时，往往会更有竞争力，这一点也已列为了干部提升的必考核要素之一；
其次，乡镇长与县级直属机关相比，更容易出政绩。出政绩的机会越大，当然得到的晋升的机会就更多。
再次，按官员正常的进步程序来看，乡镇长与县级直属机关科长相比，乡镇长机会会高很多。一般情况下，乡镇长在向上晋升时，一般会成为副县级干部，而大多数的县级直属机关科长，几乎没有晋升机会，多数人一辈子就在这个岗位上直到退休，是不是感觉很唏嘘？
看到这里，你应该知道怎么选择了吧？如果你有这种机会，那肯定不要犹豫，直接选择乡镇长这个答案，不会错的。
市直部门科长和乡镇长比哪个好？这个问题我来回答，我都有市直和乡镇经历。
一、级别上，市直部门科长和乡镇长一样，同属于正科级干部，级别一样
但市直部门科长管某一领域，但管的范围是全市业务。比如说市委组织部干部科科长，管全市干部，财政局预算科科长，管全市的财政预算，市委办综合一科科长，负责市委主要领导的材料。
而乡镇长，管的事儿多，但管的地域范围小，仅限于自己所在乡镇。现在乡镇长一般分管环保、安全生产、乡村振兴等一系列乡镇政府全面工作，在基层非常锻炼人。
二、工作环境上
市直部门所在地为城市，交通、医疗、教育、生活非常便利，工作环境也比乡镇好的不要太多，接触的层次也不一样，接触到处级，甚至厅级干部都不是问题。
乡镇呢，除了县城驻地乡镇外，大部分乡镇比较偏远，尤其是山区乡镇，远的离县城上百公里，每天需要开车上下班，虽然现在公务员有车补，但那每月五六百的车补，无济于事。乡镇工作比较繁杂，俗话说，上面千条线，下面一根针，所有的工作都由基层落实。我在基层呆了两年，可以说是全年无休状态，冬天防火，夏天防汛，还要抓环保，安全生产。此外，还要负责分包村的工作。我们的副镇长、宣传委员宁可不要副科职务，也要往市里考。
三、发展前途上，个人认为不相上下，但还要具体问题具体分析
1.看年龄
如果不超过35岁，去乡镇当个镇长，锻炼两年接任党委书记，40岁之前解决副县问题不大，现在提拔干部都要有基层工作经验。如果超过35岁，还是老老实实在市直机关待着，如果有机会提拔为所在单位副职，即使解决不了副职，职级并行下，解决四调是没问题的。
2.看所在部门
如果在两办、组织部、财政局、纪检委这些强势部门当科长的话，解决副县也是没有问题的，没有必要去乡镇当镇长。三看乡镇的经济状况，如果去一个经济强镇，发展好的乡镇，还是可以考虑的。
以上是我的一些建议，也有个人经历，仅供参考。
有背景有人脉的人，可以选择当乡镇镇长；没有关系没有人脉的农家子弟公务员，那就选择市直机关科长。
有足够长的天线，有强大的背景，那肯定要选乡镇镇长。乡镇镇长属于最基层一线的主官，最小主官也是封疆大吏，同样担负着维护一方和谐稳定、保障一方经济民生的重任。当过乡镇主要领导、扎实履行过镇长职责的人，综合能力和素养，都会有一个质的提升，在个人履历和经历上，也是浓墨重彩的一笔。
在注重基层经历，特别是基层主官经历的大形势下，拥有乡镇长的经历履历，绝对是优先提拔使用的对象，甚至极有可能因为基层镇长经历，在提拔晋升上平步青云。但是，所有的前提都是需要有人推荐你、看中你、想起你，这就是我们所说的天线和背景，没有天线和背景，可能会在乡镇长位置上干8年，甚至10几年。毕竟一个县有10几个乡镇长，为什么一定要提拔你呢？我在乡镇工作过，那是我们的乡长已经53岁，干了三个乡镇的镇长，在镇长位置上足足干了14年。因此，有关系有天线，可以选择乡镇镇长，否则，极有可能10几年就在镇长位置上，甚至一辈子就呆在乡镇。
没有天线，也没有关系，作为普通农家子弟公务员，还是老老实实选择市直机关科长。上面已经分析过了，没有任何关系背景，去了乡镇，极有可能意味一辈子呆在乡镇，就是正科级终此一生。然而在市直，一个是，可以给家庭孩子一个良好的生活环境、教育条件、医疗条件、交通环境，让家庭孩子享受市直这些便利，提高家庭幸福指数，提升孩子升学成才概率。这是乡镇无法提供的。
市直科长算是中层领导，多多少少掌握着一定社会资源和人脉资源，在不违规违纪的情况下，可以为个人家庭服务。这也是乡镇无法提供的。三个是，市直机关科长，人脉关系没有县里那么复杂，只要和局长搞好关系，有局长的大力推荐，还是有可能提拔副处的。再退一步说，职级并行后，市直机关科长，退休前100%可以晋升四级调研员。