疫情二级管控是指发生重大突发公共卫生事件，省指挥部立即组织指挥部成员和专家进行分析研判，对突发公共卫生事件影响及其发展趋势进行综合评估，由省人民政府决定启动Ⅱ级应急响应，并向各有关单位发布启动相关应急程序的命令。
在新冠肺炎传播途径存在不确定性，或者国家卫生健康委提示重大疾病流行风险，将新冠肺炎纳入乙类传染病并实行甲类传染病管理时，省人民政府成立疫情防控应急综合指挥部，启动疫情联防联控工作机制，部署开展疫情防控工作。
主要措施有：启动省级重大疾病联系会议；实行病例定点医院收治；开展流行病学调查，追踪所有密切接触者，进行隔离医学观察；疫情发生地对外出人员实行交通检疫措施，测量体温，对发热者进行医学观察。
未发生疫情地对来自疫情发生地的人员实行健康随访制度，实行交通检疫措施，进行详细登记，测量体温，对发热者进行医学观察；消毒、健康教育与咨询等其他公共卫生措施；公布咨询电话和疫情报告专用电话，发布疫情。