金川门之变直接使得燕王朱棣的叛军不费吹灰之力就进入了城高池深的南京城,使靖难之役得以成功,朱棣成功夺取了侄儿建文帝的皇位,自己当了皇上,变成了永乐皇帝。1402年过关斩将的朱棣挥师向明朝都城南京进军,六月初三打过长江,占领镇江之后,驻守在南京附近的龙潭。
朱棣不敢轻易攻城,因为南京城,众所周知,是朱元璋花了20多年建造的非常坚固的城池防御设施,全城120里,外郭有16道城门,内城还有13个城门,况且城内还有20万数据。鉴于济南一战,燕王军队鲁莽攻城,铁铉率残兵给予其重创,损失惨重的教训,朱棣不敢立即攻城。结果却由于金川门之变,城内的建文帝居然没有组织居民守城,南京城门不战而开,朱棣大军纷纷涌入。朱棣成功夺取了他侄儿建文帝的皇位。
当朱棣大军到达南京城下的时候,建文帝的朝臣们开始军心浮动,有些人主张撤到浙江沿海一带,有人主张撤到湖南、湖北一带。唯有方孝孺力主守城。方孝孺认为现在南京城高达建筑,城内有20万守军,粮食充足,最主要的是外面还有两股援军,一股在凤阳,一股在淮南。20万守军坚持一段时间,等到援军到来是没有任何问题的。建文帝是采纳了方孝孺的建议的。为了能够稳住朱棣,建文帝使用了缓兵之计,接连派出了大臣李景隆、安王、谷王等皇叔以及自己的母亲出城跟朱棣议和。
朱棣是绝对不会接受议和的,不会让到手的鸭子从嘴边飞掉。金川门之变是因为建文帝团队内出现了叛徒。建文帝最信任的人背叛了他,一个是李景隆,他是开国功臣李文忠的儿子,另一个人便是谷王朱惠。这两个人趁出城谈判之机,跟朱棣达成了协议。此二人守卫的是金川门,6月13日当朱棣大军到达金川门的时候,他们就打开了大门,让朱棣大军堂而皇之进入南京城。20万明朝守军顿时毫无斗志,顷刻瓦解。