美国人要灭绝印第安人的原因有：双方矛盾激化、信仰不同等。
一、双方矛盾激化
美国白人屠杀印第安人的第一个原因。早在1584年时印第安人就遭到欧洲人的侵略了。当时英国人得到女王同意之后，就到了北美大陆建立属于自己的根据地。
但没想到的是当他们到达北美大陆时发现在这生活了很长时间的印第安人并不是十分喜欢他们。为了保卫自己的领土，英国人受到了印第安人的强烈攻击。
但因为两方使用的语言不一样，英国人一直没有办法向印第安人表达自己来这里的真实目的。最终迫于无奈，英国人离开了印第安人生活的地方。
在初期的时候，欧洲殖民者在占领北美大陆这片领土上一直是失败的。但后来在坚持不懈的交流下，1614年，欧洲殖民者成功和印第安人达成了和平状态。
刚开始的时候欧洲殖民者只是在这片领土上建立自己的领域。因为他们所建筑的领域并没有侵犯印第安人的领土，所以印第安人并没有产生特别大的抵触心理。但后来越来越多的欧洲殖民者强占印第安人领土，还企图改变这个地方，这让印第安人感受到了侵犯，自此双方矛盾逐渐激化。
二、信仰不同
美国白人屠杀印第安人的第二个原因，是因为美国白人大多都是信奉基督教。当他们到了印第安人生活的北美大陆时，他们觉得印第安人应该和他们一样都是信奉基督教。
但印第安人他们有自己的信仰有自己的神明，他们每天所举行的仪式都是对大自然的祈福。但在信仰基督教的美国白人眼中，他们觉得印第安人这样的表现是非常奇怪不尊重基督教的。为了将这些奇怪的现象铲除，就开始屠杀印第安人。
印第安人的分布：
西部大平原和北美东部的古印第安人（Paleo-Indian），尽管环境不同，却有类似的经济活动。在美国西部──从俄勒冈州到墨西哥北部，从太平洋海岸区到落基山东边──散居着沙漠文化的印第安人，以狩猎及采集果实为生，但已有原始农业技术发展。
太古晚期在工具技术上有了进步的发展，诸如有沟槽的石斧及石锤等，而且在不同地理区域的部落间有贸易制度。公元前3000～前2000年，气候变得温暖，于是有些印第安人跟在吃草的野牛之后，进入萨斯喀彻温（Saskatchewan）河与亚伯达（Alberta）地区，亦有更北进入北极冻原。