锦鲤已有1000余年的养殖历史，锦鲤各个品种之间在体形上差别不大，主要是根据身体上的颜色不同和色斑的形状来分类的。它具有红、白、黄、蓝、紫、黑、金、银等多种色彩，身上的斑块几乎没有完全相同的。
现在我们在市场上所接触到的锦鲤都包含于这13个品系，而这13个品系下又可以分为100多种小的品种。其中最著名、最受锦鲤爱好者喜爱的就是被称为“御三家”的红白锦鲤、大正三色锦鲤、昭和三色锦鲤。
红白锦鲤：由绯和白的组成，品系代表有：御殿樱红白，拿破仑红白，金银鳞红白，二段红白，三段红白，四段红白，一条红红白，富士红白，德国红白，闪电红白，覆面红白，口红红白。
大正三色：因其产于大正时代故命名“大正”，体形和颜色，白底上有红色及黑色斑纹者称为“大正三色”。头部只有红斑而无黑斑，胸鳍上有黑色条纹者为基本条件。品系代表有口红三色、赤三色、德国三色等。
昭和三色：同三色锦鲤一样都是根据时代命名。但是同大正三色不同，昭和三色拥有混厚的喷墨基色，而其红白两色则是在喷墨基础上后天演变而成。品系代表有：淡黑昭和锦鲤、绯昭和锦鲤、近代昭和、德国昭和等。
写鲤：基本体型最常见的黑底上有三角形白斑玟，称为白写。外表上体黑斑纹的存在条件完全跟昭和三色相同，头上有黑斑，胸鳍亦有圆形黑斑。
别甲鲤：该类品种多以白色或红色为底色，背部分布有小块墨斑，有如一块块甲片，称为“别甲”，基本体色只有两色，体色的墨斑与大正三色的墨斑相似，白底色的称为“白别甲”。
浅黄秋翠锦鲤：最主要的是头部必须为清澈的淡蓝色，不能有黑影或芝麻黑点。背部一片片蓝色鱼鳞整齐耀眼，左右脸部、腹部及鳍基部呈赤色为基本型，赤色愈少愈佳。背部无赤斑为佳。
衣鲤：主要特点就是在红斑下的鳞片上有蓝色或者深色甚至是葡萄色等颜色，使衣鲤显得很有质感，甚是好看。
变种鲤：
黄金鲤：常用于与各品种锦鲤人工交配而产生豪华的皮光鲤，成为改良锦鲤的主要角色。其头部必须光亮清爽，不能有阴影。鳞片的外缘必须呈明亮的金黄色。胸鳍也必须头部必须光亮清爽，不能有阴影。
花纹皮光鲤品系：锦鲤鱼中写鲤以外的锦鲤鱼与黄金锦鲤鱼交配所生的锦鲤
光写锦鲤：写鲤和黄金鲤杂交后所产生的后代，亦叫写皮光鲤。其通体呈金属光泽，也可以理解为写鲤中的光系锦鲤。光写锦鲤体表具有闪亮的金属光泽，其色斑与写鲤相似，身上有大块斑纹。
金银鳞锦鲤：经过后期人工不断的杂交，其中鱼体全身有金色或银色鳞片，闪闪发光。
丹顶锦鲤：此种锦鲤通体雪白，只有头顶正中有一红色圆斑，游时如白龙翻江，静时若丹阳卧水，在风水上主事业兴旺，官运亨通，因而又有“鸿运当头”的美称。