法律分析：员工工资不能抵扣进项税额。是否能抵扣，需要符合三个条件：
一、是一般纳税人；
二、取得抵扣凭证（专用发票的抵扣联）；
三、抵扣项目用于增值税应税业务；
很明显，员工工资没有抵扣凭证，所以不能抵扣。
法律依据：《中华人民共和国企业所得税法实施条例》 第三十四条 企业发生的合理的工资、薪金支出，准予扣除。前款所称工资、薪金，是指企业每一纳税年度支付给在本企业任职或者受雇的员工的所有现金形式或者非现金形式的劳动报酬，包括基本工资、奖金、津贴、补贴、年终加薪、加班工资，以及与员工任职或者受雇有关的其他支出。