基层治理方面存在的问题如下：
1、当前基层治理体系还不完善。一是基层党组织统领基层工作能力不强，一些领导班子成员思维方式、工作作风和服务能力与经济社会的发展水平不适应，与群众的利益诉求不适应，与转型目标不适应。二是基层治理主体单一。
目前村委会仍然是社会事务的主要管理者，由于在城市化进程中，社区职能、村行政化倾向没有得到彻底改变，与真正意义上的社区管委会体制，在性质和功能上仍存在较大差距。三是基层组织行政负担过重。本村集体经济受益大部分支撑管理费用以及本村的公益事业和公共事业办理费用。
2、群众参与基层治理还相对较少。群众是基层治理的最基本元素。但是目前，相当一部分群众受传统观念和知识文化水平等因素制约，主体意识非常淡薄，参与基层治理的程度仍然不高、意识不强、能力不足。再加上农民到外地打工的多，在农村基层社会治理中村民不愿去参与村务决策等公共事务，更缺乏主动意识。
3、社会矛盾纠纷压力大、人口管理压力。一是化解社会矛盾的难度加大。近几年来，特别是随着棚户区改造，基础工程大力推进引起了不小的土地征用、房屋拆迁、环境污染等等方面纠纷，因为该类纠纷涉及群众的切实经济利益，涉及部门多，问题具体，化解难度非常大。
尤其是街办，多名稳控人员“信访不信法”，每到重大敏感节点便到上级政府上访，对包保单位施压，坚持常年上访乃至非访、缠访、闹访，成为基层治理的不稳定群体。二是流动人口管理难度加大。
由于近几年快速发展，房地产开发，大量的外迁户及剩余农业劳动力涌向县城生活、居住并寻找就业机会，对县城的基础服务、治安环境带来了不小的冲击。
4、农村基层社会治理缺乏资金保障。从眉县目前农村基层社会治理的经费来源看，最重要的渠道是依靠政府拨付，这些资金对于范围广、种类复杂的农村基层社会治理工作如九牛一毛，只能勉强维持日常的正常开支。
加之，很多村民因常年在外务工并买了房子，他们是不愿意为村庄的公共事务掏腰包的。大多数人对村庄公共事务的态度是漠不关心，在这种情况下，农村的资金基础是根本不具备的，治理工作自然进展缓慢。
5、提供服务能力相对不足。随着人民群众生活水平的不断提高和权利意识的增强，需要基层社会治理提供更加多样化、优质化、科学化和人性化的社会服务。但是，就目前的情况来看，受资金、人员、能力等多方面因素制约。
很多基层社会治理机构无法有效满足人民群众的利益诉求，提供给人民群众的社会服务还存在数量不足、方式落后等诸多问题，亟需加以解决。
6、人员队伍建设难度加大。就基层社会治理的现实情况看，主要存在干部队伍的整体水平不高、缺乏年轻干部、工作积极性和能力素质不足等问题，极大地影响了基层社会治理水平的提高，也损害了基层干部队伍的形象。
当前，虽然通过“大学生村官”等活动，解决了一部分人才缺乏的问题，但是从长远的角度来看，这些问题需要出台更加完善的制度来解决。
整改措施
建立和完善相关制度，理顺治理事权。通过对眉县农村基层社会治理的实地调查，发现其中最大的问题还是相关的制度不完善甚至缺乏。正是因为农村基层社会治理中法律制度建设严重滞后才会出现村委会超自治权、村两委争权、乡镇政府对村级组织自治权力的侵蚀等问题。
就现在的眉县农村基层社会治理所参照的法律方面的制度主要还是《宪法》跟《村民委员会组织法》以及党的基层工作条例，但是，因为这些制度、条例都比较抽象，缺乏针对性，所以，乡镇政府在实际执行时，缺乏操作性。
根据这种情况，应该出台类似于《村民自治法》的制度，进一步规定乡镇政府与村级自治组织的关系，明确村两委职责，划分领导权与管理权，厘清村党支部、乡镇政府和村级自治组织各自的权力范围。
即：政府行使监督权和提供必要的指导和帮助;党支部行使领导权，主要体现在政治、思想和组织等基本方面的领导;村级自治组织行使管理权，管理本村域的公共事务和公益事业，同时向政府反映村民意见、要求，提出建议。