您好，是的，保险垫付的费用在赔偿时会扣除。
根据最高人民法院关于审理
人身损害赔偿案件适用法律若干问题的解释第十九条“医疗费根据医疗机构出具的医药费、住院费等收款凭证，结合
病历和诊断证明等相关证据确定。医疗费的赔偿数额，按照一审法庭辩论终结前实际发生的数额确定。器官功能恢复训练所必要的康复费、适当的整容费以及其他后续治疗费，赔偿权利人可以待实际发生后另行起诉。但根据医疗证明或者鉴定结论确定必然发生的费用，可以与已经发生的医疗费一并予以赔偿。”
交通事故由谁先垫付
如果是医疗费根据《道路交通安全法》第七十五条规定：医疗机构对交通事故中的受伤人员应当及时抢救，不得因抢救费用未及时支付而拖延救治。肇事车辆参加机动车第三者责任强制保险的，由保险公司在责任限额范围内支付抢救费用；抢救费用超过责任限额的，未参加机动车第三者责任强制保险或者肇事后逃逸的，由
道路交通事故社会救助基金先行垫付部分或者全部抢救费用，道路交通事故社会救助基金管理机构有权向交通事故责任人追偿。
由此可以看出：首先是医疗机构要先抢救，其次由保险公司在交强险限额内支付(1万元)，也可以协商由对方先行垫付，当然己方也可以垫付，最后凭医院发票要求赔偿，如果对方垫付的，可以在以后赔偿款中扣除，都没有的，还可以申请救助基金。
医疗费是指治疗在道路交通事故中所受的损伤或损伤引起的疾病，是身体复原所花费的医药费和必要的治疗费用。与治疗事故损伤无关的医疗费一般不予赔偿。 交强险里扣除垫付的一万元医疗费。