事业单位企业编制通常有两种情况，一是该单位除了有事业人员的编制外，还有的人员按企业用工对待，不占事业编制，他们属于工勤人员（也有事业编制的工勤人员）。二是单位除了事业编制外，另办有企业性质的单位，隶属于这个事业单位，该企业性质单位的人员当然身份是企业员工。但在实际中，这个事业单位为了方便工作，把不同性质单位的人员混合使用。尽管是在混合使用，但人事管理上身份截然不同。而且因为长期一样的工作，往往连属于企业编制的人员自己都会忽略了其身份。
从待遇上看，理论上说，两者完全是不同的。工资标准／福利标准都执行不同的规定。这点在退休后的待遇就会更明显。而在实际上，很多单位因为工作需要，特别是混合使用不同编制人员的单位，往往把待遇搞成一样，以利于调动员工积极性，但这只是单位的搞法，换个领导也可以更改，或者有关领导机关要求改正也可以轻易地就改变了这种状况。如果你想调动到另一个事业单位，你的企业编制肯定就不行了。当然，现在事业单位也搞聘用制，是签合同的。但不管怎么说，人事局管的就是事业编制的人员及他们的待遇（包括退休）。
最后，说说档案，目前多数改革后的事业单位对新进的人员，包括事业编制的人员已经在审查档案后，交给人才中心保管了。所以，档案的保管不能说明什么问题。关键是身份完全不同，待遇从道理上是不同的。
公务员，是指依法履行公职、纳入国家行政编制、由国家财政负担工资福利的工作人员。中国国家公务员是指在中华人民共和国政府中行使国家行政权力、执行国家公务的人员。公务员职位类别按照公务员职位的性质、特点和管理需要，划分为综合管理类、专业技术类和行政执法类等类别。国务院根据本法，对于具有职位特殊性，需要单独管理的，可以增设其他职位类别。各职位类别的适用范围由国家另行规定。国家根据公务员职位类别设置公务员职务序列。公务员职务分为领导职务和非领导职务。
从前景来看公务员更有升职空间，而事业单位工资更高一些
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