卫生部设15个内设机构：
（一）办公厅。
负责文电、会务、机要、档案等机关日常运转工作以及安全保密、政务公开、来信来访、卫生统计、新闻发布等工作。
（二）人事司。
拟订全国卫生人才发展规划和政策并指导实施；承担机关和直属单位的人事管理工作；会同有关方面拟订各类卫生专业技术人员资格标准并组织实施；组织指导卫生管理干部岗位培训工作。
（三）规划财务司。
拟订卫生事业中长期发展规划，推动区域卫生规划工作；统筹规划与协调全国卫生资源配置，管理大型医用装备的配置；提出医疗服务价格、药品价格、
基本医疗保险费用结算等政策的建议；组织拟订国家卫生装备管理办法和标准；拟订药品和医疗器械采购相关规范。
（四）政策法规司。
起草卫生
法律法规草案，组织拟订卫生政策和标准；起草部门规章；承担机关有关
规范性文件的合法性审核工作；承担有关
行政复议和行政应诉工作。
（五）卫生应急办公室（
突发公共卫生事件应急指挥中心）。
拟订卫生应急和紧急医学救援规划、制度、预案和措施；指导突发公共卫生事件的预防准备、监测预警、处置救援、分析评估等卫生应急活动；指导地方对突发公共卫生事件和其他突发事件实施预防控制和紧急医学救援；组织实施对突发急性传染病防控和应急措施；对重大灾害、恐怖、中毒事件及核事故、辐射事故等组织实施紧急医学救援；发布突发公共卫生事件应急处置信息。
（六）疾病预防控制局（全国爱国卫生运动委员会办公室）。
拟订全国
重大疾病防治规划、国家免疫规划和严重危害人民健康的公共卫生问题的干预措施并组织实施，完善重大疾病防控体系，防止和控制疾病的发生和疫情的蔓延；承担发布法定报告传染病疫情信息工作；承办全国爱国卫生运动委员会、国务院防治艾滋病工作委员会的具体工作。
（七）农村卫生管理司。
承担综合管理农村基本卫生保健和
新型农村合作医疗工作，拟订有关政策、规划并组织实施；指导全国农村卫生服务体系建设和乡村医生相关管理工作；监督指导农村卫生政策的落实。
（八）妇幼保健与社区卫生司。
拟订妇幼卫生、社区卫生、健康教育的政策、规划、规范并组织实施；拟订妇幼卫生技术标准；对妇幼保健实施监督管理，牵头组织预防和减少出生缺陷与先天残疾工作。
（九）医政司。
拟订医疗机构、医疗技术应用、医疗质量和服务、采供血机构管理等有关政策、规范、标准，并组织指导实施；拟订医务人员执业标准和服务规范；指导医院药事、临床重点专科建设、
医院感染控制、医疗急救体系建设、临床实验室管理等有关工作；参与药品、医疗器械临床试验管理。
（十）医疗服务监管司。
承担医疗机构医疗服务的监管工作，建立医疗机构医疗质量评价和监督体系，组织开展医疗质量、安全、服务、财务监督和评价等工作；建立健全以公益性为核心的公立医院监督制度，承担推进公立医院管理体制改革工作。
（十一）食品安全综合协调与卫生监督局。
组织拟订食品安全标准；承担组织查处食品安全重大事故的工作；组织开展食品安全监测、
风险评估和预警工作；拟订食品安全检验机构资质认定的条件和检验规范；承担重大食品安全信息发布工作；指导规范卫生行政执法工作；按照职责分工，负责职业卫生、放射卫生、环境卫生和学校卫生的监督管理；负责公共场所、饮用水等的卫生监督管理；负责传染病防治监督；整顿和规范医疗服务市场，组织查处
违法行为；督办重大医疗卫生违法案件。
（十二）药物政策与基本药物制度司。
承担建立国家基本药物制度并组织实施的工作，组织拟订药品法典和国家基本药物目录；组织拟订国家药物政策；拟订国家基本药物的采购、配送、使用的政策措施，会同有关方面提出国家基本药物目录内药品生产的鼓励扶持政策，提出国家基本药物价格政策的建议。
（十三）科技教育司。
拟订医药卫生科技发展规划；组织实施国家重点医药科研攻关项目；指导医疗卫生方面的技术推广和科学普及工作；组织研究医学卫生技术标准；承担医药卫生实验室生物安全的监督管理工作；组织指导卫生专业技术岗位培训工作；承担组织开展继续医学教育和毕业后医学教育工作。
（十四）国际合作司（
港澳台办公室）。
承担组织指导卫生方面的政府与民间的多双边合作交流和卫生援外有关工作；组织协调我国与
世界卫生组织及其他国际组织在医学卫生领域的交流与合作；承担与港澳台的卫生合作工作。
（十五）保健局。
拟订并组织实施中央保健工作方针政策与规划；承担中央保健对象和在京中央国家机关及有关单位医疗照顾对象的医疗保健工作；承担国家重要会议与重大活动的医疗卫生保障工作；负责重要外宾的医疗安排。
机关党委 负责机关和在京直属单位的党群工作。
离退休干部局 负责机关离退休干部工作，指导直属单位的离退休干部工作。
上面说的是内设机构，下面的是直属机构：
直属单位全称 简称
中国医学科学院（北京协和医院） 医学科学院
中国疾病预防控制中心 疾控中心
卫生部卫生监督中心 卫生监督中心
中国健康教育中心（卫生部新闻宣传中心） 健教中心（新闻中心）
卫生部统计信息中心 统计信息中心
卫生部干部培训中心（卫生部党校） 干部培训中心（党校）
卫生部卫生经济研究所 卫生经济研究所
卫生部项目资金监管服务中心 项目监管中心
卫生部北京医院 北京医院
中国医学科学院北京协和医院 协和医院
中日友好医院 中日医院 卫生部机关服务中心 机关服务中心
国家医学考试中心 医学考试中心
健康报社 健康报社
人民卫生出版社 卫生出版社
卫生部医院管理研究所 医院研究所
卫生部国际交流与合作中心 国际交流中心
卫生部人才交流服务中心 人才服务中心
卫生部医药科技发展研究中心 科技发展中心
中华医学会 医学会
中华预防医学会 预防医学会